USS Thresher är en amerikansk marin ubåt som förlorades 1963 under djupdykningsövningar. USS Threshers öde utlöste ett antal farhågor om säkerheten hos kärnkraftsdrivna ubåtar och sporrade den amerikanska flottan att upprätta ett säkerhetsprogram för att ge förbättrad utbildning och katastrofinsatser. Detta program, känt som SUBSAFE, tillhandahåller kvalitetskontroll och säkerhetsgarantier för hela den kärnkraftsdrivna flottan.
Denna ubåt var det ledande fartyget i sin klass, vilket betyder att det var det första som byggdes enligt en ny uppsättning specifikationer. Skrovnumret på USS Thresher var 593, och tekniskt sett bör ubåtar byggda efter USS Thresher vara kända som Thresher eller 593 class ubåtar, men istället kallas de Permit eller 594 class subs, efter det andra fartyget i klassen, pga. till vidskepelse om att hänvisa till fartyg som gått förlorade till sjöss. Tillståndsklassen har ersatts av efterföljande nya modeller av atomubåtar.
USS Thresher togs officiellt i drift 1961 och togs genom omfattande sjöförsök av dess kapten och besättning. Ubåten upplevde flera små problem under sin period av sjöförsök, inklusive problem med barlasttankarna och kärnreaktorn. När havsförsöken äntligen var avslutade togs USS Thresher ut till havet utanför Massachusetts kust för djuphavsdykning, åtföljd av USS Skylark, ett ubåtsräddningsfartyg, den 9 april 1963.
USS Thresher sjönk till det förväntade djupet och rapporterade sedan att det upplevde problem och försökte komma upp till ytan. Rapporten var förvrängd och ubåten hördes aldrig från igen. USS Skylark rapporterade att fartyget hade förlorats, och ett försök inleddes för att identifiera vraket och avgöra om reaktorn hade läckt eller inte. USS Thresher sjönk i vatten som var tillräckligt djupt för att få fartyget att implodera av tryck, dödade den 129 sjömannen ombord på mindre än två sekunder och spred fartyget över havsbotten i sex delar. Rutinmässiga radiologiska undersökningar visade inte tecken på att fartygets kärnbränsle hade förorenat området.
Forskning om USS Threshers öde tycks antyda att fartyget sjönk på grund av ett fel i dess saltvattenledningssystem som i slutändan ledde till översvämning av ubåten, vilket stängde av kärnreaktorn. Innan ubåtens besättning kunde driva reaktorn igen sjönk fartyget. Återställning av USS Thresher-vraket har inte varit möjligt på grund av djupet där ubåten sjönk och oro för kärnkraftsförorening, med flera minnesmärken över fartyget och hennes besättning på olika platser i USA, inklusive Arlington National Cemetery.