Southern blot adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi DNA dalam sampel, dan menentukan berapa banyak DNA yang ada. Prosedur ini dinamai Edwin Southern, seorang ahli biologi Inggris yang mempelopori teknik ini pada 1970-an. Analisis blot selatan menggunakan elektroforesis gel untuk memisahkan fragmen DNA dalam sampel dan kemudian menggunakan probe untuk mendeteksi urutan DNA yang diinginkan.
Southern blotting dimulai dengan sampel DNA yang telah diekstraksi dari sel. DNA diperlakukan dengan enzim restriksi yang memecah asam nukleat menjadi fragmen dengan berbagai ukuran. Selanjutnya, DNA dijalankan melalui elektroforesis gel agarosa denaturasi. Proses ini memisahkan fragmen menjadi untaian tunggal pada saat yang sama karena mereka juga dipisahkan berdasarkan ukuran.
Langkah selanjutnya di Southern blot adalah mentransfer fragmen DNA yang terpisah ke selembar nilon atau nitroselulosa, yang menahan fragmen agar tidak bergerak. Setelah ini lembaran diinkubasi dengan probe hibridisasi DNA beruntai tunggal. Urutan probe dirancang sedemikian rupa sehingga akan mengikat urutan DNA yang coba dideteksi oleh eksperimen. Setiap fragmen probe akan mengikat urutan DNA komplementernya jika ada dalam sampel, untuk membentuk bagian DNA untai ganda. Probe diberi label dengan isotop radioaktif, atau dengan enzim. Beberapa probe dapat digunakan dalam percobaan yang sama.
Ketika inkubasi selesai, langkah terakhir dalam proses Southern blot adalah mengungkapkan lokasi di mana probe telah terikat pada DNA komplementer. Jika probe diberi label dengan isotop radioaktif, ini dilakukan dengan menggunakan sinar-x untuk mendeteksi titik di mana probe telah hibridisasi untuk mengambil sampel fragmen DNA. Ketika enzim digunakan, inkubasi lebih lanjut dilakukan. Enzim yang digunakan untuk tujuan ini adalah yang menghasilkan produk berwarna ketika bereaksi dengan substratnya, sehingga Southern blot dilengkapi dengan menambahkan substrat untuk mengungkapkan lokasi di mana DNA probe terikat pada DNA sampel.
Bercak selatan berguna untuk berbagai alasan. Penggunaan paling sederhana dari teknik ini adalah dengan menggunakan probe untuk mengidentifikasi urutan DNA yang menarik, atau yang harus diisolasi untuk kegunaan lain. Southern blotting juga digunakan untuk menentukan berapa banyak salinan dari urutan tertentu yang ada dalam sampel. Hal ini dimungkinkan karena sinyal radioaktif atau enzimatik yang lebih kuat dihasilkan ketika lebih banyak salinan urutan hadir dan terikat pada probe.
Penggunaan umum lainnya dari teknik ini adalah manipulasi genetik bakteri dan mikroorganisme lainnya. Dalam hal ini DNA bakteri diperiksa untuk menentukan apakah DNA asing telah berhasil dimasukkan ke dalam bakteri. Southern blotting juga merupakan dasar untuk teknik polimorfisme panjang fragmen restriksi.