Polimorfisme panjang fragmen restriksi, atau RFLP, adalah variasi dalam sekuens DNA homolog. Polimorfisme adalah variasi DNA homolog yang terjadi antar individu, sedangkan istilah restriksi mengacu pada fakta bahwa bagian kecil DNA dapat dipotong dari bagian besar menggunakan enzim restriksi. Beberapa bagian DNA memiliki lebih banyak variabilitas daripada yang lain, dan bagian dengan tingkat variabilitas yang tinggi berguna dalam analisis polimorfisme panjang fragmen restriksi.
Polimorfisme panjang fragmen restriksi bergantung pada aktivitas endonuklease restriksi. Kelas enzim ini ditemukan di banyak spesies bakteri. Dalam bakteri, peran endonuklease restriksi adalah untuk memberikan perlindungan terhadap DNA asing yang mendapatkan akses, dengan memecahnya menjadi beberapa bagian. Dalam penelitian molekuler, enzim restriksi dapat digunakan untuk memecah DNA pada lokasi variabilitas yang diketahui sehingga fragmen yang dihasilkan dapat dianalisis.
Setiap jenis enzim mengenali urutan pasangan basa DNA tertentu, dan bertindak untuk membelah molekul DNA pada setiap titik di mana ia mengenali urutan tersebut. Bakteri melindungi DNA mereka sendiri agar tidak rusak dengan pola khas metilasi DNA yang mencegah ikatan endonuklease restriksi. Lebih dari 800 endonuklease restriksi yang berbeda telah ditemukan, yang bersama-sama mengenali lebih dari 100 urutan nukleotida unik. Urutan yang paling dikenal memiliki panjang antara empat dan enam pasangan basa.
Enzim restriksi digunakan dalam bioteknologi untuk menganalisis polimorfisme panjang fragmen restriksi karena berbagai alasan. Enzim digunakan untuk memotong panjang DNA pada urutan tertentu sehingga perbedaan antar individu dapat diperiksa. Solusi dari DNA yang terfragmentasi, dipotong pada urutan nukleotida tertentu yang diketahui, dihibridisasi dengan probe yang dirancang untuk mendeteksi urutan DNA yang telah ditentukan sebelumnya. Sampel kemudian dianalisis menggunakan elektroforesis gel. Teknik ini menghasilkan gel dengan beberapa pita pewarnaan gelap, yang masing-masing mewakili fragmen DNA yang berbeda. Dengan memeriksa pola pewarnaan, para ilmuwan dapat menentukan pola RFLP yang ada dalam sampel.
Polimorfisme terjadi secara luas di seluruh genom manusia, dan analisis ini telah membuktikan bahwa kelompok orang yang berbeda cenderung memiliki RFLP yang sama. Jenis RFLP tertentu umum untuk orang-orang dari kelompok etnis atau asal geografis yang berbeda, misalnya, dan hubungan juga ada dalam kelompok keluarga. Variasi ini ada di seluruh kerajaan hewan, menjadikannya alat penelitian yang berguna tidak hanya untuk melacak nenek moyang manusia, tetapi juga untuk mempelajari migrasi dan evolusi satwa liar.
Analisis polimorfisme panjang fragmen restriksi dapat memberikan informasi yang berguna untuk tujuan klinis dan medis. Pembatasan panjang fragmen polimorfisme probe digunakan dalam tes paternitas, dalam diagnosis penyakit keturunan, dalam ilmu forensik, dan dalam genotipe. Menganalisis pola RFLP di seluruh genom adalah dasar dari sidik jari DNA, teknik yang mendasari semua penggunaan yang berbeda ini.