Ett antal faktorer kan spela en roll för den lön en biokemist tjänar. Vissa av dessa faktorer kan kontrolleras av biokemisten, medan andra kan vara mer föremål för industriomfattande influenser som en biokemist inte kan kontrollera. Biokemistlöneintervallet kan variera kraftigt, och det är viktigt att överväga inverkan på en lön när man utvärderar ett anställningserbjudande för att avgöra om lönen är rimlig eller inte.
En av de största avgörande faktorerna för en biokemistlön är var en biokemist arbetar. Olika nationer har radikalt olika löneskalor och levnadskostnader. En biokemist som arbetar i Storbritannien, till exempel, kommer förmodligen att tjäna mer än en biokemist som arbetar i Indien, helt enkelt på grund av olika levnadskostnader. På samma sätt kan en biokemist som arbetar för ett internationellt företag tjäna mer än en anställd av ett inhemskt företag. Vilken typ av företag en biokemist arbetar för spelar också roll. Läkemedelsföretag tenderar att betala mycket höga löner, medan statliga myndigheter har mindre finansiering tillgängliga för löner.
En annan faktor i en biokemistlön är mängden utbildning en biokemist har haft. Ju högre högskoleexamen, desto högre lön, som huvudregel. Mer erfarenhet som arbetande biokemist kan också öka biokemistlönen, liksom särskilda certifieringar och utbildningar. Till exempel kommer en biokemist som har arbetat i ett högt och mycket säkert labb att ses som en mer tilltalande jobbkandidat än en biokemist som inte har gjort det, vilket innebär att den mer erfarna biokemisten kan kräva och få högre lön.
Storleken på företaget kan också ha betydelse när det kommer till en biokemistlön, liksom företagets karaktär. Ideella organisationer betalar mindre, medan vinstdrivande organisationer betalar mer. Dels beror detta på tillgängliga medel, och dels på organisationens karaktär. Vilken typ av arbete som utförs har också betydelse. Avancerad forskning kommer att resultera i en högre biokemistlön, medan rutinmässig bearbetning av labbmaterial kommer att betala mindre. En historik av publicering i forskningstidskrifter kommer också att öka biokemistlönen, liksom deltagande i konferenser och andra former av professionell utveckling.
Arbetstitlar spelar också roll. Ju mer avancerad tjänstetitel, desto högre lön, även om två personer med olika titlar utför ungefär samma arbete. Detta är en anledning till att människor är mycket försiktiga när det gäller att förhandla om jobbtitlar, uppmärksamma andra titlar som används i företaget och inom labbet. Avtalsförpliktelser kan också ha betydelse. Om en biokemist tecknar avtal som tyder på att hon eller han kommer att tillbringa lång tid på företaget och inte kommer att arbeta för konkurrerande företag, kommer företaget att betala mer, som ett erkännande av den anställdes höga engagemang.