Det finns många frågor och frågor om genterapins etik kring praktiken. Genterapi innebär att göra ändringar i en persons genetiska profil, vilket är som en uppsättning instruktioner eller en ritning för den unika individen. En av de etiska frågorna handlar om huruvida det är moraliskt rätt att göra sådana förändringar, särskilt om de också kan påverka framtida generationer. Andra farhågor om genterapins etik har att göra med tillämpningen av tekniken; många tycker att det är acceptabelt att använda det för att behandla skadliga sjukdomar men inte för att förbättra en persons grundläggande egenskaper. Det finns också farhågor kring tillgängligheten av dessa dyra behandlingar och risken att de blir reserverade för de rika.
En av de största farhågorna kring genterapins etik har att göra med förekomsten av själva praktiken och om den är moraliskt acceptabel. Alla typer av genterapi involverar permanent förändring av en individs genetiska profil; en typ som kallas könslinjegenterapi gör att förändringarna kan överföras till avkommor och framtida generationer. Motståndare till praktiken uttrycker reservationer mot riskerna för okända långväga biverkningar och utvecklingsproblem för kommande generationer och anser att mer studier är nödvändiga innan man tar dessa risker. En del har också problem med genterapi på religiösa grunder eftersom de ser det som ett manipulering av Guds plan. Anhängare av genterapi nämner den enorma potentialen att rädda liv och utrota genetiska sjukdomar och verkar känna att belöningarna är värda riskerna.
En annan allvarlig oro angående genterapins etik är att den har potential att missbrukas. Många individer är överens om att det kan vara fördelaktigt för behandling av livsförändrande skadliga sjukdomar. Det finns dock farhågor om att detta kan leda till att man använder det för att eliminera alla skillnader från samhällets ideal. Vissa människor är oroade över att genterapi kan vara början på genteknik för att skapa den ”perfekta” människan. Ett annat problem är det potentiella missbruket av genterapi för att förbättra en persons prestationsförmåga och därigenom förändra förmågor som intelligens, snabbhet eller koordination. Forskare och American Medical Association är överens om att sådan användning av genterapi skulle vara ett brott mot etiken och inte bör tillåtas.
Det finns också frågor om kostnaden för behandling relaterade till genterapins etik. Med tanke på genterapins experimentella karaktär är den mycket dyr och täcks vanligtvis inte av sjukförsäkringen. Kostnaden gör genterapibehandlingar utom räckhåll för de flesta individer eftersom det i allmänhet bara är överkomligt för de mycket rika. Det finns en oro för att genterapi kan bli en exklusiv behandling som är reserverad för den rika eliten, med andra nekad tillgång. I enlighet med den medicinska etiska koden är många inom det medicinska samfundet engagerade i att göra det tillgängligt för alla oavsett socioekonomisk status.