Borttagning av medicinskt avfall kräver särskild omsorg på grund av den mycket farliga naturen hos medicinskt och biomedicinskt avfall. Dessa typer av avfall kan innefatta farliga vätskor, fasta ämnen, kemikalier och vassa föremål. Medicinskt avfall kan potentiellt utgöra allvarliga hälso- och miljörisker om det kasseras på ett felaktigt sätt. Det finns flera korrekta och relativt säkra metoder för att avlägsna och förstöra biologiskt farliga material, inklusive separering i färgkoordinerade, märkta och förseglade behållare; ångsterilisering; förbränning; och rivning.
Medicinskt avfall härrör främst från platser där sjukdomar behandlas och diagnostiseras eller där döda människor och djur hanteras. Typiska platser där det regelbundet krävs avlägsnande av medicinskt avfall inkluderar sjukhus, hospice, bårhus, laboratorier och veterinärkontor. En anläggning kommer ofta att förlita sig på externa entreprenörer för bortskaffande och hantering av medicinskt avfall snarare än att försöka ta hand om det själva.
De flesta metoder för att avlägsna medicinskt avfall måste börja i de anläggningar där de produceras. Strikta rutiner är vanligtvis på plats för den initiala inneslutningen av olika typer av farliga material, som huvudsakligen innebär att de separeras från andra typer av avfall. Nålar och andra vassa föremål måste till exempel samlas i särskilt märkta och färgade behållare; detsamma gäller för andra biologiska faror såsom kadaver, kemikalier, toxiner och virusföroreningar. Detta hjälper inte bara till att kassera föremålen, utan förhindrar också korskontaminering av olika former av biologiska faror.
Rengöring och sterilisering av återanvändbar medicinsk utrustning är en annan form av avlägsnande av medicinskt avfall. Dessa är populära metoder, och de möjliggör säker fortsatt användning av dyr utrustning. Metoder för rengöring inkluderar sterilisering genom mikrovågor, ånga och kemisk rengöring. Människoblod, till exempel, kan vanligtvis hällas i ett vanligt avlopp efter att ha steriliserats med ånga.
När det väl samlats in är det ofta nödvändigt att förstöra medicinskt avfall så att det inte kan ta sig tillbaka till miljön. Förbränning är en populär metod för att förstöra medicinskt avfall, där det förs in i extremt höga temperaturer och avgiftas. Detta gäller dock endast vissa typer av medicinskt avfall; Förbränning av vissa typer kan föra in andra farliga material i luften, som kvicksilver eller dioxin. På samma sätt kan vassa föremål smältas ner eller strimlas för att minska risken för mer farliga situationer och miljöolyckor.
I många länder regleras bortskaffandet av farligt avfall av regeringen för medborgarnas allmänna säkerhet och välfärd. I USA, till exempel, fastställer Environmental Protection Agency (EPA) föreskrifter och riktlinjer för säker borttagning, transport och destruktion av farligt avfall. I Storbritannien tillhandahåller Environment Agency sådan vägledning.