Även om Linux® och Windows® båda är operativsystem utformade för att användas på en persondator, finns det många skillnader mellan de två. Den primära skillnaden mellan Linux® och Windows® är tillgängligheten för koden. Linux® fungerar under GNU Public License, vilket innebär att dess källkod är tillgänglig för alla som borde bry sig om att undersöka eller ändra den. En person måste på något sätt vara ansluten till Microsoft, företaget som tillverkar Windows®, för att se koden för det operativsystemet.
En annan viktig skillnad mellan Linux® och Windows® är antalet tillgängliga versioner. Microsoft är det enda företaget som producerar operativsystemet Windows®, medan flera tillverkare gör versioner av Linux®. En person som bestämmer sig för att installera Linux® på sin dator kan välja mellan Red Hat, Ubuntu, Debian och en lång rad andra företag.
Tillgången på uppdateringar varierar också mellan Linux® och Windows®. En ny version av Windows® brukar komma ut med några års mellanrum, eftersom Windows 98® ersatte Windows 95® och Windows Vista® 2006 ersatte XP®, som släpptes 2001. Nya versioner av Linux®, så kallade distributioner, tenderar att att komma ut halvårsvis. Istället för att köpa ett helt nytt operativsystem kan en Linux®-användare vanligtvis välja att ladda ner och installera den nya distributionen från sin uppdateringshanterare. Installation av Linux® och dess nya distributioner är vanligtvis gratis.
När du installerar den nya distributionen från uppdateringshanteraren bevaras en persons filer och preferenser. En person som använder Windows® och behöver uppgradera kan också vanligtvis bevara sina filer och data genom att uppgradera från en version till en annan. En enkel uppgradering är dock inte alltid möjlig. I vissa fall kan en användare behöva avinstallera den äldre versionen av Windows® och sedan installera den nya, vilket resulterar i att data går förlorade.
Hanteringen av säkerhetshot skiljer sig i Linux® och Windows®. Eftersom Linux® är öppen källkod och vem som helst kan komma åt koden för att reparera den, löses säkerhetsproblem och den nya koden släpps mycket mer regelbundet än för Windows®. Windows® släpper vanligtvis buggreparationer och säkerhetskorrigeringar varje månad och brukar ta längre tid att lösa problemen. Den långsammare reparationshastigheten för säkerhetsintrång ger hackare och andra med uppsåt ett större fönster där de kan attackera de intet ont anandes datorer.
Linux® och Windows® skiljer sig också åt i det sätt på vilket de presenterar data för användaren. Medan båda operativsystemen tillåter en användare att välja mellan ett kommandoradsgränssnitt och vad som kallas ett grafiskt användargränssnitt (GUI), innehåller kommandoradsgränssnittet endast text och kan vara bekant för Windows®-användare som MS-DOS. GUI är skrivbordet, med dess ikoner och bilder, som många datoranvändare är bekanta med. Linux® tenderar att ha fler alternativ för sina användare för både GUI och kommandorad.