Ett proteinantigen är ett protein som kan stimulera produktionen av antikroppar i immunsystemet, och som immunsystemet kommer att reagera på om det identifieras i kroppen. Antigener kan tillverkas av ett antal föreningar, där proteinantigener är bland de vanligaste. Många proteinantigener har identifierats av forskare som är intresserade av immunsystemet och sjukdomsprocessen, och antigener används flitigt i forskning, diagnostik och medicinsk behandling.
Ett exogent proteinantigen är ett protein som produceras utanför kroppen av en annan organism. Ett exempel kan vara ett protein tillverkat av ett virus som någon får i sig. När immunsystemet ser detta protein, känner det igen det som främmande och stimulerar produktionen av antikroppar som kan haka på och attackera antigenet. Detta är en av kroppens försvarslinjer mot sjukdomar.
Endogena proteinantigener produceras inuti kroppen. De är mycket vanliga vid celldöd. Celler i kroppen kan programmera sig själva att producera dessa antigener så att immunförsvaret vet när det är dags att bryta ner en cell och återvinna dess komponenter. Denna typ av proteinantigen kan också användas av immunsystemet för att märka infekterade celler för förstörelse.
En annan typ av proteinantigen är ett autoantigen. Autoantigener är ämnen som normalt finns i kroppen och som normalt anses vara ofarliga som kroppen börjar identifiera som ett antigen. Autoantigener är involverade i autoimmuna sjukdomar, där kroppen börjar attackera sig själv eftersom programmeringen av immunsystemet går snett. I det här fallet bedöms ett protein som faktiskt är en del av kroppen vara skadligt av immunförsvaret, och immunsystemet arbetar för att eliminera det även om det kan orsaka skada på kroppen.
Vaccinationer kan innebära kontrollerat införande av ett antigen, ofta ett proteinantigen, till kroppen för att tillåta den att bilda antikroppar utan att utsätta den för risken för sjukdomar. Antigener kan också användas i tester; om en läkare misstänker att en patient har ett visst virus, till exempel, kan ett blodprov introduceras på ett urval av antigener för att se vilka antigener det binder till. Identifiering av antigener kan också vara viktigt för blodprover för att avgöra om vissa är resistenta mot en sjukdom eller inte, eller om någon har exponerats för en sjukdom.