En metankokare är mer känd som en anaerob kokare eftersom den bryter ner organiskt avfall genom att begränsa syreintaget och producerar metangas som en biprodukt. Den anaeroba nedbrytningen av organiskt material som djuravföring, matavfall och vegetabiliskt material är en naturlig process som producerar metangas, men när den sker i en metangas kan gasen samlas upp och användas som bränsle. Stora jordbruksverksamheter och avfallsbehandlingsanläggningar återvinner ofta animaliskt avfall och avlopp till en metanrötare och använder gasen, som liknar naturgas, för uppvärmning och för att producera el.
Anaerob nedbrytning sker i två steg. I den första bryts de komplexa organiska molekylerna i avfallet ned av sura mikrober till peptider, alkohol och enkla sockerarter. Dessa molekyler bryts sedan ned igen av en annan uppsättning mikrober. Som en biprodukt producerar processen gaser, inklusive metan, väte och koldioxid, och fasta ämnen som är höga i kväve. Denna process skiljer sig från aerob nedbrytning, eller nedbrytning i närvaro av syre, som producerar mestadels koldioxid och ammoniak som biprodukter. Dessutom reducerar det också råvaran till ett ämne som är lägre i kväve och som kan användas som gödning.
Konstruktionen av en metankokare inkluderar en lufttät behållare med en port för införande av avfallsmaterial och ett rör för uppsamling av gasen. Rötningen fortskrider bäst vid temperaturer i intervallet 32°C till 35°C (89°F till 95°F) och kommer att sjunka kraftigt om temperaturen faller under 16°C (61°F). Förhållandet mellan fasta ämnen och vatten bör vara cirka 8 %, vilket innebär att animaliskt avfall bör blandas med lika mycket vatten. Medan en metangammare fungerar bra med bara animaliskt avfall, kan dess effektivitet förbättras genom att tillsätta vegetabiliskt material.
De dubbla fördelarna med bränsle för el och värme, och minskningen av avfall till ett återvinningsbart, luktfritt slam gör metanrötaren till ett kostnadseffektivt och miljövänligt alternativ för avfallshantering. En stor rötkammare kan konstrueras som en täckt lagun med grenrör för att samla upp gasen, medan en mindre kan bestå av en tank som antingen kan sitta på marken eller begravas. Tankrötkammare kan värmas upp, vilket gör dem bättre kandidater för kallare klimat. Även om en metankokare reducerar avfallet till ett luktfritt material, är processen inte luktfri. Dessutom släpper rötkammare ut skadliga gaser som kolmonoxid, svaveloxider och ammoniak, så det omedelbara området runt en stor rötkammare är inte en idealisk bostadszon.