En latent infektion är en situation där ett virus finns i kroppen, men det förblir vilande och inte orsakar några tydliga symtom. Patienten är fortfarande infekterad med viruset och han eller hon kan föra viruset vidare till andra när de utsätts för det vilande viruset. Latenta infektioner kan också aktiveras, vilket gör att symtom och sjukdom dyker upp igen. Ett klassiskt exempel på en latent infektion är herpes simplex, som med jämna mellanrum blossar upp och orsakar munsår innan den blir vilande igen.
Människor blandar ibland ihop latenta infektioner med latens. Latens eller klinisk latens är en av de saker som inträffar under inkubationsperioden för en infektion, där det orsakande medlet finns i kroppen och förökar sig, men inte orsakar symtom. Viruset som är involverat i klinisk latens är inte vilande, som är fallet med dessa infektioner, utan fullt aktivt och orsakar problem för värdorganismen. Så småningom kommer viruset att gå ut ur latensen och börja orsaka detekterbara symtom, vilket varnar värden för det faktum att en infektion inträffar.
Vissa infektioner kan aldrig spolas helt ur kroppen och blir latenta med användning av mediciner och andra åtgärder för att kontrollera viruset och hämma replikering. I dessa fall kan infektionen periodvis blossa upp som svar på miljösignaler. Latenta infektioner kan också orsakas när ett virus muterar, blir omöjligt att utrota, eller när en behandlingskur inte är avslutad, vilket gör att ett virus kan förbli vilande i kroppen.
Ett antal virus kännetecknas av att de orsakar latent infektion, vilket gör att viruset kan ebba ut och flöda i kroppen i cykler när miljön förändras. Ur virusets synvinkel är förmågan att gå vilande avgörande, eftersom det gör att viruset kan behålla en värd samtidigt som det blir vilande när förhållandena är fientliga eller obehagliga för viruset. Dessa infektioner kan också vara mycket svåra att upptäcka eller hantera.
Förutom att orsaka problem för värden genom att periodvis blossa upp och orsaka en rad symtom, kan dessa infektioner bli mer olyckliga. Flera virus har kopplats till okontrollerad celldelning, vilket förmodligen orsakas av en förvrängning av virus- och cell-DNA, vilket leder till korsade ledningar och skenande delning av cellen. Latenta infektioner kan också bli ett allvarligt problem när en patient blir immunförsvagad, eftersom infektionen kan visa sig när patientens immunsystem passerar en kritisk punkt.