Den typiska organisationsstrukturen för ett flygbolag kommer sannolikt att innefatta flera ledningsskikt. Det kan också sträcka sig till affärsområden som är relaterade men som går längre än traditionella flygbolagstjänster. Ett flygbolag kan till exempel vara åtskilt av försäljning och flygverksamhet, och det kan finnas deltagande och kommunikation mellan cheferna för dessa divisioner för att skapa en mer effektiv verksamhet. Flygbolagsledning i alla regioner bör stödja efterlevnad av federala standarder för branschen. Det är också möjligt för den typiska organisationsstrukturen att utvecklas med branschens föränderliga behov.
Hierarkiska strukturer hos ett flygbolag kan bli allt mer komplexa när en organisation expanderar. En expansion kan vara resultatet av industrikonsolidering, där ett flygbolag köper ett annat, eller så kan det innefatta tillägg av nya tjänster. Resultaten av endera leder ofta till en större personalstyrka och ytterligare kunder, vilket allt kräver större resurser och ofta tillägg av ledningsskikt för att upprätthålla.
En verkställande direktör (VD) står ofta i spetsen för en hierarkisk struktur på ett flygbolag. Genom denna befattningshavare fattas alla större beslut. VD:n är inte den enda chefen inblandad, men han eller hon har ett finger med i stora beslut. En ekonomichef (CFO) är involverad i att skapa värde för aktieägarna, mäta det finansiella resultatet på ett företag och bestämma hur det finansiella resultatet kan förbättras. Vanligtvis kommer ett börsnoterat flygbolag att inkludera en styrelse, som är en grupp individer som röstar om viktiga beslut på ett flygbolag.
Försäljnings- och marknadsföringsproffs är vanligtvis grupperade på liknande sätt. På operationssidan finns piloter, flygvärdinnor och underhållsarbetare. Det är möjligt för ett flygbolags organisationsstruktur att utökas efter behov.
Sociala medier blir allt viktigare för flygbolagen. Företag använder Internet för att marknadsföra affärer, för att väcka kundernas intresse och för att få feedback från allmänheten. Avdelningen eller gruppen för sociala medier kan kombineras till en del av marknadsföringsverksamheten och kan endast omfatta en handfull personal, men dessa individer kan fortfarande ha en betydande inverkan på flygbolaget.