Antikroppsbindning sker under ett immunsvar mellan antikroppar och specifika antigener. Antigener är alla celler eller molekyler som känns igen av kroppen som främmande, eller som inte tillhör jaget. Antigener kan ta många olika former från sjukdomsalstrande organismer, som bakterier och virus, till giftiga molekyler eller allergiproducerande molekyler, allergener. Närvaron av antigener i kroppen stimulerar cellerna i immunsystemet, inklusive de som producerar och utsöndrar antikroppar.
Antikroppar är proteiner som har en distinkt grundstruktur. De är uppbyggda av fyra polypeptidkedjor som hålls samman av disulfidbryggor, som är bindningar som bildas mellan svavelatomer. Varje antikropp har två långa eller tunga kedjor och två korta eller lätta kedjor. Varje lätt kedja finns i slutet av en av de tunga kedjorna. De fyra kedjorna hålls samman i en Y-form, vilket möjliggör flexibilitet så att antikroppsbindning kan ske.
Varje antikropp är specifik för ett visst antigen. Antikroppens specificitet bestäms av antigenbindningsstället som finns i slutet av varje lätt kedja. Sekvensen av aminosyror som finns i slutet av varje lätt kedja bildar en tredimensionell form som är komplementär till formen på antigenet. Eftersom det finns två lätta kedjor för varje antikropp finns det två antigenbindningsställen, så varje antikropp kan binda till två antigener.
Det finns fem olika klasser av antikroppar. Eftersom de alla är globulära proteiner som produceras som en del av immunsvaret, kallas de immunglobuliner, med varje klass betecknad med en bokstav, G, M, A, D och E. Medan alla immunglobuliner delar samma grundläggande struktur, är de olika klasserna baserat på skillnader i de tunga kedjorna. Det kan finnas många olika antikroppar inom varje klass med specifik antikroppsbindning mellan den specifika molekylen och dess komplementära antigen.
Var och en av de olika klasserna av antikroppar binder till olika typer av antigener och har olika roller i immunsystemet. Till exempel kan immunglobulin G, IgG, binda till två antigener, stimulera andra celler i immunsystemet och kan orsaka agglutination. Agglutination uppstår när antikroppsbindning sker mellan flera antikroppar och antigener. Detta kan hända när ett antigen också har mer än ett bindningsställe, vilket gör att det kan binda till mer än en antikropp. När fler och fler antikroppar och antigener binder samman bildar de en klump, eller agglutinerar, vilket hjälper till att förstöra cellerna med antigenerna.