Sejumlah faktor dapat berperan dalam gaji yang diperoleh ahli biokimia. Beberapa faktor ini dapat dikendalikan oleh ahli biokimia, sementara yang lain mungkin lebih tunduk pada pengaruh industri yang tidak dapat dikendalikan oleh ahli biokimia. Kisaran gaji ahli biokimia dapat sangat bervariasi, dan penting untuk mempertimbangkan pengaruh gaji saat mengevaluasi tawaran pekerjaan untuk menentukan apakah gaji tersebut masuk akal atau tidak.
Salah satu faktor penentu terbesar dalam gaji ahli biokimia adalah di mana seorang ahli biokimia bekerja. Negara yang berbeda memiliki skala gaji dan biaya hidup yang sangat berbeda. Seorang ahli biokimia yang bekerja di Inggris, misalnya, mungkin akan menghasilkan lebih dari seorang ahli biokimia yang bekerja di India, hanya karena perbedaan biaya hidup. Demikian juga, seorang ahli biokimia yang bekerja untuk sebuah perusahaan internasional dapat memperoleh lebih dari satu yang dipekerjakan oleh perusahaan domestik. Jenis perusahaan tempat ahli biokimia bekerja juga penting. Perusahaan farmasi cenderung membayar gaji yang sangat tinggi, sementara lembaga pemerintah memiliki lebih sedikit dana yang tersedia untuk gaji.
Faktor lain dalam gaji ahli biokimia adalah jumlah pelatihan yang telah dimiliki ahli biokimia. Semakin tinggi gelar sarjana, semakin tinggi gaji, sebagai aturan umum. Lebih banyak pengalaman sebagai ahli biokimia yang bekerja juga dapat meningkatkan gaji ahli biokimia, seperti halnya sertifikasi dan pelatihan khusus. Misalnya, seorang ahli biokimia yang telah bekerja di laboratorium tingkat tinggi dan sangat aman akan dipandang sebagai kandidat pekerjaan yang lebih menarik daripada ahli biokimia yang tidak bekerja, yang berarti bahwa ahli biokimia yang lebih berpengalaman dapat menuntut dan menerima gaji yang lebih tinggi.
Ukuran perusahaan mungkin juga penting dalam hal gaji ahli biokimia, seperti halnya sifat perusahaan. Nonprofit membayar lebih sedikit, sedangkan untuk organisasi profit membayar lebih. Sebagian, ini karena dana yang tersedia, dan sebagian lagi karena sifat organisasi. Jenis pekerjaan yang dilakukan juga penting. Penelitian lanjutan akan menghasilkan gaji ahli biokimia yang lebih tinggi, sementara pemrosesan rutin bahan laboratorium akan membayar lebih sedikit. Riwayat publikasi dalam jurnal penelitian juga akan meningkatkan gaji ahli biokimia, seperti juga partisipasi dalam konferensi dan bentuk pengembangan profesional lainnya.
Judul pekerjaan juga penting. Semakin maju jabatannya, semakin tinggi gajinya, bahkan jika dua orang dengan jabatan berbeda melakukan pekerjaan yang hampir sama. Inilah salah satu alasan mengapa orang sangat berhati-hati dalam menegosiasikan jabatan, memperhatikan jabatan lain yang digunakan di perusahaan dan di dalam lab. Komitmen kontrak juga bisa menjadi masalah. Jika seorang ahli biokimia menandatangani perjanjian yang menunjukkan bahwa dia akan menghabiskan waktu lama dengan perusahaan dan tidak akan bekerja untuk perusahaan saingan, perusahaan akan membayar lebih, sebagai pengakuan atas tingkat komitmen karyawan yang tinggi.