Bendera negara bagian Idaho melewati tiga versi berbeda, karena dua versi pertama tidak cukup memenuhi persyaratan legislatif. Bendera pertama ditugaskan pada tahun 1907, tetapi spesifikasi aslinya tidak memenuhi undang-undang hukum. Statuta direvisi pada tahun 1927 untuk memperjelas bahwa segel negara penuh harus dimasukkan pada bendera, tetapi beberapa elemen desain masih belum distandarisasi. Pada tahun 1957, versi yang disempurnakan dari segel negara disetujui, dan pertanyaan tentang segel diselesaikan. Desain bendera didasarkan pada spanduk militer sebelumnya.
Seperti banyak bendera negara bagian lainnya, bendera negara bagian Idaho berasal dari bendera militer. Pada tahun 1898, Idaho mengirim dua batalyon untuk berperang dalam perang Spanyol-Amerika. Tepat sebelum orang-orang ini pergi berperang, mereka diberi bendera dari para wanita Idaho. Resimen membawa bendera ini sepanjang perang; saat ini dipajang di ibukota Idaho.
Bendera pertama ini dirancang oleh Kolonel Charles H. Irvin dan dibuat oleh pekerja jarum di Chicago. Itu terbuat dari sutra biru militer dengan stempel Negara Bagian Idaho yang disulam di tengahnya menggunakan benang sutra berwarna. Pinggiran emas ditemukan di tiga sisi bendera.
Pada tahun 1907, legislatif Idaho memutuskan untuk membuat bendera negara resmi, dan memilih desain yang sangat mirip dengan bendera militer. Adalah tugas ajudan jenderal Idaho untuk membuat bendera ini. Satu perubahan besar pada bendera adalah bahwa, sebagai ganti nama resimen, bendera baru akan berisi nama negara bagian.
Ukuran bendera pertama adalah lebar 5 kaki 6 inci (1.67 meter) dan tinggi 4 kaki 4 inci (1.32 meter). Pinggiran memiliki lebar 2.5 inci (6.35 cm) dan segel negara memiliki diameter 21 inci (53.34 cm), terletak di tengah bendera. Huruf untuk frasa “Negara Idaho” tingginya 2 inci (5.08 cm) pada pita merah yang panjangnya 29 inci (73.66 cm) dan tinggi 3 inci (7.62 cm). Pita itu ditempatkan 8.5 inci (21.59 cm) di atas batas bawah bendera.
Spesifikasi yang diberikan oleh ajudan jenderal itu sebenarnya berbeda dengan yang ada dalam undang-undang tahun 1907. Perbedaan utama adalah bahwa seluruh segel negara tidak digunakan, hanya informasi bergambar tanpa kata-kata. Pada tahun 1927, spesifikasi ajudan jenderal dimasukkan ke dalam undang-undang, menggantikan spesifikasi dari undang-undang tahun 1907. Kontroversi tentang bendera negara bagian Idaho berlanjut hingga tahun 1957, semuanya didasarkan pada representasi stempel negara. Pada tahun itu, badan legislatif negara bagian menyetujui versi baru stempel negara bagian, yang digunakan pada bendera negara bagian Idaho mulai saat ini dan seterusnya.
Gambar pada segel bendera negara bagian Idaho mewakili industri utama negara: kehutanan, pertanian, dan pertambangan. Penambang di segel mewakili kekayaan mineral dan pertambangan. Buah dan sayuran dan berkas gandum mewakili pertanian. Sebuah pohon pinus tunggal mewakili industri kayu, dan rusa mewakili satwa liar dari kehutanan.