Meskipun Alabama menjadi negara bagian pada tahun 1819, sejarah bendera negaranya tidak dimulai sampai tahun 1861 ketika keputusan dibuat untuk memisahkan diri dari Persatuan. Pada Januari 1861, di Konvensi Pemisahan, bendera negara bagian pertama Alabama diadopsi oleh para delegasi. Bendera itu hanya digunakan beberapa minggu; pada Maret 1861, Alabama malah mulai menggunakan yang pertama dari dua bendera Konfederasi sebagai miliknya. Pada tahun 1865, setelah berakhirnya Perang Saudara, bendera Amerika Serikat menjadi bendera resmi Alabama. Akhirnya, pada tahun 1891, Alabama merancang dan akhirnya mengadopsi bendera unik yang telah berkibar di negara bagian itu sejak saat itu.
Bendera negara bagian Alabama tahun 1861 dirancang di Montgomery oleh sekelompok kecil wanita. Di satu sisi bendera ditampilkan sosok Dewi Kebebasan dengan memegang pedang di satu tangan dan bendera yang lebih kecil dengan hanya satu bintang di tangan lainnya; tulisan “Merdeka Sekarang dan Selamanya” muncul di atas gambar. Sisi lain memiliki ular derik melingkar bersama dengan tanaman kapas dengan kata-kata “Sentuh Aku Tidak” di bawah penggambaran ini. Bendera ini kadang-kadang disebut sebagai bendera Konvensi Pemisahan atau bendera Republik Alabama. Sekitar sebulan setelah diadopsi sebagai bendera negara bagian Alabama, badai hebat merusaknya, dan bendera itu dicabut dan tidak pernah dikibarkan lagi.
Tak lama setelah bendera negara bagian pertama Alabama dicabut, negara bagian memilih untuk menggunakan bendera Nasional Konfederasi. Pada acara-acara resmi, bendera nasional pertama atau bendera nasional kedua Konfederasi dikibarkan. Setelah Perang Saudara berakhir pada tahun 1865, bendera-bendera tersebut dicabut, dan Alabama kembali menggunakan bendera Amerika Serikat.
Alabama menggunakan bendera Amerika Serikat sampai tahun 1891 ketika desain baru untuk bendera negara bagian ditugaskan. Akhirnya, pada tahun 1895, sebuah bendera baru disetujui oleh badan legislatif, yang tetap menjadi bendera negara bagian Alabama hingga saat ini. Desain yang disetujui dipolakan pada bendera Pertempuran Konfederasi dan menjadi bendera resmi kedua negara bagian Alabama.
Dari semua 50 bendera negara bagian, Alabama adalah salah satu yang paling sederhana dalam desain. Sebagaimana diundangkan menjadi undang-undang, bendera Alabama adalah salib St. Andrew berwarna merah tua yang ditempatkan di atas bidang putih. Warna yang digunakan dalam bendera melambangkan keberanian dan kemurnian, sedangkan salib mencerminkan bagian dari desain bendera Pertempuran Konfederasi. Karena undang-undang tidak menentukan apakah bendera harus berbentuk persegi panjang atau persegi, itu terlihat dua arah.