Pemfilteran web sumber terbuka digunakan di banyak bisnis dan sekolah untuk memblokir situs web yang tidak pantas atau membuang-buang waktu, sehingga siswa dan karyawan dapat berkonsentrasi untuk belajar dan bekerja. Administrator harus selalu memeriksa lisensi sumber terbuka yang disertakan dengan program penyaringan web sumber terbuka, karena banyak yang menetapkan bahwa penggunaan komersial atau bisnis dilarang. Ketika administrator memperbarui daftar hitam program, mereka harus memberikan perhatian ekstra untuk menemukan situs web proxy, karena banyak orang menggunakannya untuk menyelinap di sekitar filter. Meskipun filter web seharusnya memblokir situs web yang berbahaya atau tidak perlu, terkadang mereka memblokir terlalu banyak, jadi administrator juga harus fokus pada pengembangan daftar putih. Filter web biasanya datang dengan daftar situs web yang diblokir sebelumnya, tetapi beberapa pengguna mungkin menemukan situs web yang seharusnya ada dalam daftar, tetapi tidak; untuk menghindari masalah yang berasal dari ini, administrator harus memindai laporan riwayat dan menambahkan situs web baru ke daftar hitam sesuai kebutuhan.
Sebagian besar program pemfilteran web sumber terbuka digunakan dalam bisnis, tetapi ini mungkin menjadi masalah. Banyak lisensi open source tidak mengizinkan penggunaan komersial atau bisnis dari filter web, yang berarti bisnis dapat berakhir dengan tuntutan hukum jika penggunaan tersebut ditemukan. Untuk menghindari kemungkinan ini, administrator harus hati-hati membaca perjanjian lisensi sebelum menyebarkan filter melalui jaringan.
Ketika filter web diterapkan, ia diberitahu untuk menempatkan batasan pada komputer dengan alamat protokol Internet (IP) tertentu. Jika pengguna dapat mengubah alamat IP-nya dengan menggunakan proxy, maka dia secara efektif menghindari semua pembatasan pemfilteran web sumber terbuka. Banyak filter web dengan cepat dan otomatis memperbarui daftar hitam situs web proxy mereka, tetapi administrator harus mencari situs web proxy baru dan memastikan mereka ada dalam daftar.
Filter web terkadang melakukan tugasnya dengan sangat baik dan memblokir situs web yang tidak berbahaya atau tidak pantas; lebih buruk lagi, mereka dapat memblokir situs web yang penting bagi pengguna untuk melakukan pekerjaan mereka. Kemungkinan ini berarti administrator harus mengembangkan daftar putih pemfilteran web sumber terbuka. Daftar putih, sebagai lawan dari daftar hitam, adalah daftar situs web yang dapat diakses oleh pengguna, meskipun situs web tersebut biasanya diblokir.
Program pemfilteran web sumber terbuka biasanya dikemas dengan jutaan situs web yang dibatasi, dan jarang sekali pengguna menemukan situs web yang seharusnya diblokir tetapi sebenarnya tidak. Pada saat yang sama, administrator harus memeriksa laporan riwayat jaringan, hanya untuk memeriksa penggunaan situs web yang tidak pantas. Jika ada situs web yang ditemukan, mereka harus ditambahkan ke daftar hitam filter web.