Bendera negara bagian Carolina Utara seperti yang saat ini dikibarkan diadopsi pada bulan Maret 1885. Jenderal Johnston Jones dikreditkan dengan mengusulkan RUU yang mengubah bendera negara bagian Carolina Utara dari desain sebelumnya, yang mewakili Carolina Utara selama Perang Saudara. Bendera Carolina Utara saat ini menampilkan bilah atas berwarna merah horizontal yang lebar, di atas bilah bawah putih yang lebar dan horizontal. Bilah biru vertikal menghiasi sisi kiri bendera, dan di atas palang ini terdapat huruf NC berwarna emas, dipisahkan oleh bintang putih. Di atas surat-surat ini, sebuah spanduk emas menyatakan tanggal Deklarasi Kemerdekaan Mecklenburg, 20 Mei 1775, dalam huruf hitam. Spanduk serupa di bawah huruf NC menampilkan tanggal Halifax Resolves, 12 April 1776.
Orang pertama yang menyarankan adopsi bendera negara bagian Carolina Utara diyakini adalah Kolonel John D. Whitford. Dia dikatakan telah membuat proposalnya pada 20 Mei 1861, hari ketika Carolina Utara memilih untuk memisahkan diri dari Amerika Serikat dan bergabung dengan Negara Konfederasi Amerika. Sementara Konvensi Carolina Utara menyetujui proposal bendera Whitford, kelompok itu akhirnya menolak rancangannya. Mereka malah menerima desain yang dibuat oleh William Jarl Browne. Desain ini secara resmi diadopsi oleh Konvensi Carolina Utara pada 22 Juni 1861 dan tetap digunakan sampai setelah Perang Saudara.
Bendera negara bagian Carolina Utara sangat mirip dalam desain dengan bendera negara bagian Carolina Utara saat ini. Posisi palang merah dan biru yang muncul pada bendera modern negara bagian itu terbalik. Bilah vertikal di sebelah kiri berwarna merah, dan bilah atas horizontal di sebelah kanan berwarna biru. Bilah vertikal merah biasanya memiliki bintang putih.
Di atas bintang ini umumnya tertulis tanggal Deklarasi Kemerdekaan Mecklenburg, dan di bawahnya secara umum tertulis tanggal suksesi resmi Carolina Utara dari Amerika Serikat, 20 Mei 1861. Para sejarawan percaya bahwa Carolina Utara adalah salah satu dari hanya dua negara bagian Konfederasi yang mengeluarkan bendera negara resmi untuk resimennya selama Perang Saudara Amerika.
Sebagian besar percaya bahwa kebutuhan akan bendera negara bagian baru Carolina Utara menjadi jelas ketika Carolina Utara bergabung kembali dengan Amerika Serikat setelah Perang Saudara Amerika. Negara bagian Carolina Utara terus menggunakan desain bendera dasar yang diadopsi pada bulan Maret 1885. Tindakan legislatif negara bagian pada tahun 1991 memperpanjang bendera negara bagian Carolina Utara, dan menghapus koma dari tanggal yang ditampilkan di atasnya.