Alur kerja ilmiah digunakan untuk meningkatkan cara penelitian dilakukan. Jenis yang paling umum berfokus pada alur kerja laboratorium, alur kerja komputasi, dan alur kerja analisis data. Banyak institusi mengembangkan alur kerja ilmiah untuk mengurangi kesalahan, meningkatkan hasil, dan mempercepat penemuan. Alur kerja seringkali dirancang khusus untuk bekerja untuk studi tertentu dan dapat bervariasi menurut industri dan jenis data yang perlu dikumpulkan dan dianalisis.
Alur kerja ilmiah untuk lab dapat mencakup beberapa aspek operasi. Di banyak institusi terdapat alur kerja khusus untuk menyiapkan sampel yang akan diuji. Misalnya, klinik rumah sakit mungkin memiliki prosedur yang jelas untuk memperoleh sampel pasien, memasukkan sampel itu, melacaknya dengan pemindai dan kode batang, menyimpannya, dan menyiapkannya untuk pemeriksaan. Dalam hal ini, alur kerja ilmiah dapat berupa kombinasi prosedur tertulis yang harus diikuti dan perangkat lunak komputer yang melacak sampel dari pengumpulan hingga pemeriksaan. Informasi tentang status sampel sering kali tersedia melalui portal Web untuk akses mudah. Operasi lab juga menggunakan alur kerja untuk membantu menjamin ketersediaan bahan yang diperlukan, seperti reagen kimia yang diperlukan untuk melakukan pengujian, tersedia dalam stok, dan tersedia saat eksperimen dijalankan.
Bentuk lain dari alur kerja ilmiah untuk laboratorium berkaitan dengan pelaksanaan eksperimen yang sebenarnya. Misalnya, seorang peneliti mungkin ingin memotret wilayah langit tertentu atau mengurutkan DNA sel tertentu. Dalam kedua kasus, alur kerja akan menentukan langkah-langkah yang akan diikuti peneliti untuk menyelesaikan pengamatan. Misalnya, para astronom perlu mendapatkan koordinat wilayah yang ingin mereka pelajari, memasukkan data itu ke dalam sistem pelacakan teleskop dan memposisikan kamera digital untuk menangkap gambar. Alur kerja tersebut dapat digunakan oleh institusi untuk menjadwalkan waktu pada peralatan khusus untuk memastikan penggunaan peralatan tersebut secara optimal juga.
Banyak penelitian saat ini dilakukan melalui pemodelan dan simulasi komputer. Alur kerja ilmiah untuk jenis penelitian ini mungkin mencakup prosedur untuk membuat program, memecahkan masalah, dan kemudian mengirimkan dan menjalankan tugas komputasi ini. Di banyak laboratorium, seorang peneliti dapat mengirimkan pekerjaan secara online ke pusat komputasi. Pekerjaan kemudian dijadwalkan secara otomatis berdasarkan berbagai faktor termasuk tingkat prioritas, sumber daya yang tersedia, dan berapa lama pekerjaan akan berjalan. Dalam kebanyakan kasus, informasi status pekerjaan tersedia secara online, sehingga mereka yang telah mengirimkan pekerjaan dapat dengan cepat memeriksa statusnya untuk melihat apakah pekerjaan itu dijadwalkan untuk dijalankan, dijalankan, atau diselesaikan.
Setelah percobaan selesai, tes laboratorium selesai atau simulasi komputer dilakukan, sering kali diperlukan jenis alur kerja ilmiah lain untuk menganalisis data yang dikumpulkan. Seringkali, langkah pertama dalam alur kerja analisis ilmiah semacam itu adalah mengekstrak data dari database, file, atau situs web tertentu. Data kemudian harus dimasukkan ke dalam format yang tepat. Ini mungkin sesuatu yang sederhana seperti mengubah pembacaan suhu dalam Fahrenheit ke Celsius atau pengukuran jarak dari kaki ke mil. Data tersebut kemudian dijalankan melalui analisis rutin dan mungkin perlu dibandingkan dengan data lain. Hasil akhir kemudian disajikan kepada peneliti, biasanya dalam bentuk laporan, file atau tampilan visual.
Dalam semua jenis alur kerja ilmiah ini, manfaatnya adalah para peneliti memiliki cara standar untuk melakukan pekerjaan mereka. Dalam beberapa kasus, otomatisasi dapat diterapkan ke beberapa langkah dalam alur kerja. Otomatisasi membantu melepaskan pekerjaan dari peneliti dan mempercepat prosesnya.