Freud dan Jung berbagi hubungan beberapa dekade, sebagai Jung, mitra junior, belajar lebih banyak tentang teori-teori Freud tentang ketidaksadaran. Mungkin untungnya, bagi psikologi modern, Jung kemudian menolak beberapa teori Freud, dan condong ke metode psikologinya sendiri yang disebutnya analitis. Kedua pria itu menggunakan konsep alam bawah sadar sebagai cara untuk menjelaskan mimpi, tetapi Jung lebih banyak menggunakan konsep alam bawah sadar berlapis-lapis. Perbedaan utama antara Freud dan Jung menarik untuk diamati.
Perpecahan utama yang memisahkan kedua psikiater tersebut berkaitan dengan agama. Freud merasa agama adalah pelarian dan kekeliruan, yang seharusnya tidak disebarkan. Hubungannya dengan agama mirip dengan Karl Marx. Agama adalah “candu” massa. Keyakinannya sepenuhnya pada kemampuan pikiran untuk mengakses pikiran bawah sadarnya, sehingga menyembuhkan segala penyakit saraf.
Jung sebaliknya percaya bahwa agama adalah tempat keamanan penting bagi individu saat ia memulai proses individuasi, mengeksplorasi dan menerima semua bagian dari diri. Agama lebih jauh merupakan sarana komunikasi antara semua jenis orang, karena meskipun agama berbeda, arketipe dan simbol tetap sama.
Jung tidak mempraktikkan agama Kristen tradisional, tetapi lebih condong ke penjelajahan okultisme. Dalam beberapa surat Freud, ia menuduh Jung anti-Semitisme, tidak didasarkan pada penerimaan Yudaisme sebagai agama, tetapi lebih pada diskriminasi terhadap orang Yahudi pada umumnya. Penghormatan Jung terhadap aspek-aspek keagamaan dalam kehidupan Yahudi lebih besar daripada penghargaan Freud.
Freud dan Jung tidak setuju pada apa yang merupakan ketidaksadaran. Freud memandang ketidaksadaran sebagai kumpulan gambar, pikiran, dan pengalaman yang ditolak oleh individu untuk diproses, yang mengarah pada neurosis. Jung menambahkan definisi ini dengan menyatakan bahwa setiap individu juga memiliki ketidaksadaran kolektif, sekelompok gambar dan pola dasar bersama yang dimiliki semua manusia. Ini sering menggelegak ke permukaan ketidaksadaran pribadi. Mimpi bisa lebih baik ditafsirkan dengan memahami titik referensi simbolis dari simbol yang dibagikan secara universal.
Freud percaya bahwa kekuatan pendorong utama di belakang aktivitas laki-laki dan perempuan ditekan atau diekspresikan seksualitas. Seksualitas yang tidak terpenuhi menyebabkan kondisi patologis. Jung percaya bahwa seks hanya merupakan salah satu dari banyak hal yang mendorong manusia. Lebih penting lagi, manusia didorong oleh kebutuhan mereka untuk mencapai individuasi, keutuhan atau pengetahuan penuh tentang diri. Banyak emosi yang mendorong manusia untuk bertindak dengan cara yang tidak sehat secara psikologis, tetapi semua cara ini adalah kerinduan akan keinginan untuk merasa lengkap.
Ketidaksadaran bagi Freud adalah fasilitas penyimpanan untuk semua hasrat seksual yang ditekan, sehingga mengakibatkan penyakit patologis atau mental. Hanya dengan mengungkapkan ketidaksadaran seseorang dapat menemukan bagaimana hidup bahagia dan pulih dari penyakit mental. Jung, sebaliknya, merasa bahwa ketidaksadaran sering berjuang sendiri untuk keutuhan, dan bahwa penyakit mental bukanlah patologi, tetapi regulasi emosi dan pengalaman tersimpan yang tidak disadari yang cenderung mengarah pada individuasi.
Tujuan terapis, menurut Jung, adalah untuk membantu orang mengenali pekerjaan bawah sadar, dan dengan demikian untuk membantu pasien dalam memahami bagaimana lebih baik untuk berjuang untuk individuasi yang akan menghasilkan “keseluruhan” orang.
Sementara Freud cenderung ke arah cara yang sangat ahli menyerbu alam bawah sadar untuk menghilangkan perasaan tertekan, jalan Jung lebih sejalan dengan psikolog humanis kemudian. Ini mengilhami sekolah Gestalt holistik, dan kemudian sekolah terapi.
Gagasan ketidaksadaran umumnya diterima secara universal, namun baik Freud maupun Jung tidak merasa bahwa setelah penjelasan, pekerjaan terapeutik lanjutan diperlukan. Kemudian sekolah psikoanalitik seperti yang mengandaikan perubahan perilaku telah terbukti lebih berhasil dalam mengobati penyakit mental. Setelah perasaan yang mendasari dipahami, pekerjaan terletak pada membantu untuk meniadakan perasaan ini dan menggantinya dengan pikiran yang lebih positif. Pekerjaan ini adalah sesuatu yang diabaikan oleh Freud dan Jung. Namun kami berhutang budi kepada kedua ahli teori atas kontribusi mereka terhadap psikiatri. Akibatnya, mereka dikreditkan dengan memulai bidang psikiatri.