Ada beberapa perbedaan antara mikroskop senyawa dan mikroskop bedah. Meskipun masing-masing alat ini digunakan untuk memperbesar subjek yang ditempatkan di atas panggung mikroskop, jumlah perbesaran yang dapat dicapai sangat bervariasi antara kedua perangkat ini. Mereka juga dibangun dengan cara yang berbeda, terutama berkaitan dengan lensa objektif dan potongan mata.
Salah satu perbedaan utama antara mikroskop kompon dan mikroskop bedah adalah perbesaran yang dapat dicapai melalui masing-masing alat ini. Mikroskop majemuk biasanya mampu memperbesar objek hingga 400 kali, meskipun tidak jarang ditemukan mikroskop majemuk yang dapat memperbesar objek hingga 1,000 kali. Mikroskop bedah, di sisi lain, biasanya hanya memperbesar objek 40 kali atau kurang.
Alasan perbedaan daya perbesaran ini juga membuat senyawa dan mikroskop bedah terpisah satu sama lain. Mikroskop majemuk umumnya digunakan untuk melihat benda yang sangat kecil dan relatif tipis, seperti sel. Mikroskop bedah digunakan untuk melihat objek yang lebih besar yang memiliki tingkat kedalaman yang lebih besar, seperti butiran serbuk sari. Sesuai namanya, mikroskop bedah juga biasa digunakan untuk membedah bentuk kehidupan kecil, seperti serangga.
Mikroskop majemuk dan mikroskop bedah juga menggunakan lensa yang berbeda. Mikroskop bedah seringkali hanya memiliki satu lensa objektif yang memungkinkan objek diperbesar dalam rentang perbesaran tertentu, seperti 10 hingga 30 atau 20 hingga 40 kali. Ada tiga lensa objektif pada mikroskop majemuk: satu yang memungkinkan objek dilihat pada perbesaran yang hampir sama dengan mikroskop bedah, satu yang memperbesar dengan kekuatan maksimum, sering kali 400 kali, dan satu di antaranya. Tujuan pada mikroskop majemuk juga lebih dekat ke tahap daripada pada mikroskop bedah. Ruang tambahan antara panggung dan tujuan pada mikroskop bedah memberikan ruang bagi pemirsa untuk memanipulasi subjek saat memeriksanya.
Perbedaan lain antara mikroskop senyawa dan mikroskop bedah adalah bahwa mikroskop bedah selalu dibuat dengan dua buah mata sehingga pemirsa dapat melihat subjek dengan kedua mata. Hal ini memungkinkan subjek untuk dilihat dalam tiga dimensi. Mikroskop majemuk, di sisi lain, sering dibuat dengan hanya satu lensa mata. Meskipun ada mikroskop majemuk dengan dua lensa mata, mereka hanya memungkinkan pemirsa untuk melihat irisan tipis subjek, bahkan jika itu tiga dimensi, jadi satu lensa mata biasanya cukup.