Menggembar-gemborkan etanol oleh banyak pemerintah, terutama Amerika Serikat, telah menimbulkan banyak kontroversi. Di Amerika Serikat, di mana miliaran dolar uang pembayar pajak dihabiskan untuk subsidi etanol, kontroversi menjadi sangat sengit, dan ada sejumlah alasan di baliknya. Banyak yang bermuara pada pertengkaran mendasar mengenai apakah etanol, khususnya etanol jagung, benar-benar ajaib seperti yang diklaim orang atau tidak.
Beberapa ekonom berpendapat bahwa ketika suatu produk memiliki manfaat yang melekat, orang akan membayarnya, sehingga subsidi tidak diperlukan. Subsidi produksi etanol menghabiskan uang pembayar pajak, meskipun secara tidak langsung, dan itu membuat harga rendah secara artifisial, daripada membiarkannya ditetapkan sesuai dengan nilai pasar yang adil. Ekonom yang ingin melihat promosi energi berkelanjutan yang lebih umum juga berpendapat bahwa subsidi etanol mengambil pendanaan dari sumber energi berkelanjutan lainnya, termasuk sumber yang lebih bersih, lebih efisien, dan lebih mudah diperoleh daripada etanol.
Subsidi etanol mungkin juga berperan dalam menaikkan harga pangan, dan dalam perdebatan pangan vs bahan bakar yang sedang berlangsung. Argumennya adalah bahwa petani lebih banyak mengeluarkan biaya untuk memproduksi tanaman untuk makanan, karena tanaman ini disubsidi lebih sedikit, dan mereka membebankan harga kepada konsumen. Pasokan pangan juga berkurang dengan subsidi etanol, dengan argumen ini, karena petani memiliki insentif untuk menanam tanaman untuk etanol, sehingga mereka mengalihkan ladang yang pernah digunakan untuk tanaman pangan untuk menanam jagung. Pengurangan pasokan dapat menyebabkan kenaikan harga, dan bahkan kekurangan dalam beberapa kasus.
Etanol sendiri adalah bahan bakar dengan manfaat yang dipertanyakan. Ini membutuhkan penanganan khusus, termasuk bensin yang diformulasikan secara unik untuk campuran bahan bakar, dan prosedur transit khusus yang dapat membuatnya mahal. Ini juga tidak membakar dengan sangat bersih, dan kurang hemat energi dibandingkan bensin, yang berarti bahwa mobil yang menggunakan etanol atau campuran etanol/bensin akan memiliki jarak tempuh yang lebih rendah. Lebih jauh lagi, pembangkitan etanol itu sendiri tidak terlalu hemat energi, dan dalam beberapa kasus bahan bakar mungkin membutuhkan lebih banyak energi untuk membuat dan mengangkut daripada yang dihasilkannya.
Kritik terhadap subsidi etanol berpendapat bahwa dana pemerintah harus difokuskan untuk mempromosikan sumber energi yang benar-benar terbarukan dan inovatif, daripada dihabiskan untuk bahan bakar dengan nilai yang dipertanyakan. Mempertahankan subsidi etanol dipandang sebagai pemborosan di bawah argumen ini. Memilih tempat untuk menargetkan dana tampaknya akan lebih bermanfaat dalam jangka panjang, bahkan jika teknologi yang lebih baru tidak segera berhasil.