Pengalengan oven terdiri dari menempatkan toples berisi makanan asam tinggi panas yang baru disiapkan seperti buah-buahan, selai, jeli atau selai jeruk ke dalam oven panas untuk pemanasan dan penyegelan. Metode ini memiliki beberapa keunggulan, dengan yang paling signifikan adalah kemampuan untuk memproses sejumlah besar toples sekaligus. Ini juga memiliki berbagai kelemahan, termasuk bahwa banyak ahli keamanan pangan telah menganggap metode pengalengan yang tidak aman.
Tidak seperti pengalengan di atas kompor, pengalengan oven tidak memerlukan penangas air. Tidak perlu dengan hati-hati menempatkan toples ke dalam air mendidih dengan sepasang penjepit dan mendengarkan suara tutup yang disegel dengan benar. Jika dilakukan dengan benar, tutupnya akan tertutup rapat setelah disekrupkan ke stoples pengalengan yang sudah dipanaskan sebelumnya, lalu dipanaskan lagi selama 15 menit dan didinginkan di rak atau di dalam oven. Pengalengan juga memindahkan semua toples secara bersamaan karena berada di atas nampan.
Pendukung pengalengan oven menekankan bahwa metode ini menyediakan metode pengalengan yang cepat dan relatif tanpa tangan untuk makanan asam tinggi seperti apel dan pir. Makanan tinggi asam lebih tahan terhadap bakteri daripada makanan rendah asam seperti sayuran atau daging. Makanan rendah asam membutuhkan pemanasan lebih lama pada suhu yang lebih tinggi untuk pengawetan yang tepat, sehingga pengalengan oven tidak disarankan untuk makanan tersebut.
Oven mengeluarkan panas kering, bukan uap, sehingga stoples dipanaskan secara perlahan dan mungkin pecah selama proses pemanasan. Panas oven yang kering juga dapat merusak segel karet tutup pengalengan jika toples dibiarkan di dalam oven terlalu lama. Ketika disegel dengan benar, tutupnya menciptakan ruang hampa, menjaga udara dan bakteri keluar dari toples. Panas kering juga mengubah suhu makanan lebih lambat daripada uap atau rendaman air, memberikan lebih banyak waktu bagi bakteri untuk mencapai makanan, terutama jika suhu tidak mencapai 212 derajat Fahrenheit (100 derajat Celcius).
Metode ini juga tidak menjamin bahwa makanan dikalengkan pada suhu minimum konstan yang diperlukan untuk membunuh bakteri. Kebanyakan instruksi pengalengan oven termasuk memanaskan stoples pengalengan tanpa tutup, setidaknya untuk bagian akhir dari proses. Segera setelah pengalengan mengeluarkan stoples tanpa tutup dari oven untuk memasang tutupnya, makanan, stoples, dan area sekitarnya akan mendingin, meningkatkan risiko mengotori isinya. Oven juga dapat bervariasi dalam suhu dari apa yang dibaca oleh kenop atau termostat digital, sehingga oven mungkin tidak memanas hingga suhu yang diperlukan. Suhu di dalam oven juga dapat bervariasi, tergantung di mana stoples ditempatkan — bagian tengah, samping atau atas, misalnya — sehingga stoples mungkin tidak mencapai suhu yang seragam.
Metode pengalengan oven juga sangat rentan terhadap kesalahan pengguna. Isi toples dapat menggelembung dan tumpah, bahkan ketika pengalengan memenuhi ruang kepala 0.25-0.5 inci (sekitar 0.6-1.3 cm) yang diperlukan di setiap toples. Pengalengan juga berisiko mengalami luka bakar atau pecahan kaca saat mengeluarkan stoples kaca dari oven.