Organisme biasanya dikategorikan menurut sistem tiga domain, yang diperkenalkan oleh Carl Woese pada tahun 1990. Ini menggantikan sistem klasifikasi organisme lima kingdom yang lebih tua. Dalam klasifikasi Woese, tiga domain kehidupan adalah: Bakteri, Archaea, dan Eucaryota.
Juga sedang dipertimbangkan adalah penambahan domain keempat, Acytota, yang berarti “tanpa sel”, untuk mewakili virus dan organisme semu tanpa sel lainnya seperti prion. Yang lebih spekulatif adalah organisme domain kelima, Nanobiota, yang mungkin mewakili struktur filamen mirip kehidupan yang sangat kecil yang ditemukan di beberapa mineral. Baru-baru ini, pada tahun 2002, beberapa ilmuwan telah menganggap Archaea dan Eucaryota sebagai bagian dari domain yang sama, Neomura.
Pembagian terpenting dalam kehidupan umumnya dianggap sebagai antara organisme prokariotik (sel dengan inti) dan organisme eukariotik (dengan inti). Perbedaan yang sedikit kurang penting, tetapi masih sangat penting, adalah perbedaan antara organisme uniseluler dan multiseluler, dan antara tumbuhan dan hewan.
Jika virus akhirnya diakui sebagai bentuk kehidupan yang valid, maka pembagian yang paling penting adalah apakah suatu bentuk kehidupan berbasis seluler atau tidak. Kemungkinan masuknya virus ke dalam kerajaan kehidupan dimulai dengan penemuan Mimivirus, virus DNA yang sangat besar dengan gen yang mengkode sintesis nukleotida dan asam amino, sesuatu yang bahkan tidak dimiliki oleh bakteri tertentu.
Namun perbedaan kategori utama lainnya adalah antara organisme aerobik (pernapasan oksigen) dan anaerobik (tidak membutuhkan oksigen). Suatu ketika, ketika atmosfer bumi terutama karbon dioksida, Bumi ditutupi dengan organisme anaerobik, tetapi banyak di antaranya mati selama Bencana Oksigen, periode panjang di mana organisme aerob menjadi terkenal, melepaskan sejumlah besar oksigen beracun ke anaerobik. organisme. Sekarang, organisme anaerobik paling sering terlihat di tumpukan kompos.
Jika kehidupan pernah ditemukan di planet lain, itu akan mewakili pembagian yang lebih mendasar dalam kehidupan. Istilah yang digunakan untuk menyebut organisme bumi secara kolektif adalah Gaeabiota. Terkadang nenek moyang bersama tertua dari kehidupan duniawi disebut LUCA, yang merupakan singkatan dari “leluhur bersama universal terakhir”. LUCA diperkirakan hidup antara 3.6 dan 4.1 miliar tahun yang lalu