Makanan yang diubah secara genetik terbuat dari tumbuhan atau hewan yang telah mengalami perubahan asam deoksiribonukleat (DNA) dengan cara yang tidak terjadi secara alami. Seringkali, gen individu ditransfer dari satu organisme ke organisme lain, bahkan ketika organisme tidak terkait. Para ilmuwan memanipulasi gen untuk menciptakan dua jenis makanan yang diubah secara genetik: yang memberi keuntungan bagi produsen dan yang memberi keuntungan bagi konsumen. Sifat-sifat yang menguntungkan bagi produsen adalah resistensi serangga, resistensi virus, peningkatan hasil atau pengurangan waktu yang dibutuhkan untuk matang. Makanan dapat diubah untuk membuatnya lebih menarik bagi pelanggan dengan membuatnya tetap segar lebih lama atau membuatnya memiliki nilai gizi atau obat yang lebih besar.
Salah satu modifikasi umum yang dilakukan pada tanaman adalah memberi mereka kemampuan untuk mentolerir herbisida yang membunuh tanaman lain. Hal ini memungkinkan tanaman yang diubah secara genetik untuk tumbuh tanpa harus bersaing untuk ruang, nutrisi atau cahaya. Modifikasi ini umumnya dilakukan pada kedelai dan kanola. Gen tahan herbisida dihilangkan dari bakteri dan ditambahkan ke tanaman yang diubah secara genetik.
Perubahan umum lainnya adalah merekayasa tanaman untuk mengeluarkan racun yang membunuh hama. Jagung manis adalah makanan yang umumnya direkayasa dengan cara ini, artinya petani tidak perlu menyemprot jagung manisnya dengan insektisida karena jagung tahan serangga karena gen pinjamannya. Makanan yang diubah secara genetik ini disebut jagung Bt, karena gen pembunuh hama berasal dari bakteri Bacillus thuringiensis. Kentang adalah contoh lain dari makanan yang diubah secara genetik yang menghasilkan insektisida.
Makanan lain telah diubah secara genetik agar lebih menarik bagi konsumen. Stroberi, paprika manis, pisang, nanas, dan tomat telah dimodifikasi agar tetap segar lebih lama. Para ilmuwan juga telah bekerja pada rekayasa makanan yang diubah secara genetik untuk membuatnya lebih bergizi. Beras emas adalah contohnya — beras telah dimodifikasi untuk menambahkan vitamin A. Para ilmuwan telah bekerja untuk menghasilkan makanan yang tidak hanya memiliki nutrisi tambahan tetapi juga memiliki nilai farmasi, seperti vaksinasi.
Konsep hewan yang dimodifikasi secara genetik telah menghadapi lebih banyak perlawanan daripada tanaman yang dimodifikasi secara genetik. Banyak negara telah menyetujui produksi dan penjualan tanaman rekayasa genetika sementara membutuhkan lebih banyak penelitian mengenai hewan rekayasa genetika. Salah satu hewan yang dimodifikasi secara genetik yang telah dipertimbangkan untuk disetujui di Amerika Serikat adalah salmon yang dimodifikasi secara genetik. Salmon ini memiliki gen hormon pertumbuhan ekstra, yang memungkinkan mereka tumbuh dua kali lebih cepat daripada salmon yang tidak dimodifikasi.
Keju keras adalah jenis makanan lain yang biasanya menggunakan organisme hasil rekayasa genetika dalam produksinya. Keju secara tradisional dibuat dengan rennet, ekstrak dari perut sapi. Enzim yang digunakan untuk membuat keju dapat diproduksi oleh mikroorganisme yang dimodifikasi secara genetik. Di negara-negara industri, sebagian besar keju keras menggunakan enzim dari mikroorganisme yang dimodifikasi secara genetik ini.