Pewarnaan sitoplasma terjadi ketika cairan yang terkandung di dalam sel berubah warna. Hal ini terjadi karena salah satu dari dua alasan: baik karena sel telah menjadi kurang dalam beberapa cara atau karena telah ternoda untuk tujuan analisis ilmiah. Virus seperti cytomegalovirus dan kanker seperti karsinoma hepatoseluler dapat menyebabkan pewarnaan granulasi pada sitoplasma. Para ilmuwan menodai sitoplasma untuk menciptakan kontras warna ketika mempelajari elemen-elemen tertentu dari sebuah sel.
Sitoplasma adalah cairan kental yang terkandung dalam membran sel. Ini adalah fitur dari sel prokariotik dan eukariotik. Sitoplasma dalam sel prokariotik mengandung semua materi genetik sel, protein, dan materi lainnya. Dalam sel eukariotik, banyak fungsi sel dilakukan di dalam organel mandiri. Hampir 70 persen sitoplasma sel eukariotik terdiri dari sitosol, cairan sebenarnya, yang sebagian besar mengandung air, garam, dan molekul larut seperti protein, lipid, dan karbohidrat.
Cytomegalovirus (CMV) adalah jenis virus herpes yang dapat menginfeksi manusia serta organisme lain dan merupakan salah satu contoh kondisi yang dapat menyebabkan pewarnaan sitoplasma. Varian manusia, HCMV, hanya menyebabkan kerusakan besar pada pasien dengan sistem kekebalan yang tertekan seperti mereka yang mengidap Human Immunodeficiency Virus (HIV). Pewarnaan sitoplasma terjadi dalam beberapa menit sel yang terkena CMV. Studi telah membuktikan bahwa pewarnaan sitoplasma sel yang terinfeksi oleh CMV adalah acak dan tidak diagnostik.
Pewarnaan sitoplasma ilmiah terjadi ketika pewarna khusus kelas ditambahkan ke sitoplasma. Daripada mewarnai seluruh sitoplasma atau sitosol, pewarna menargetkan elemen tertentu seperti organel, protein atau asam deoksiribonukleat (DNA). Pewarna diterapkan baik ketika sel hidup (in vivo) atau ketika sel mati (in vitro). Sampel, setelah pewarnaan, dipelajari menggunakan mikroskop.
Proses pewarnaan bervariasi tergantung pada apa yang ditargetkan dan mengapa. Laboratorium penelitian cenderung memiliki protokol untuk pewarnaan setiap jenis sel. Misalnya, penelitian pewarnaan sel selama karsinoma hepatoseluler memerlukan pewarnaan imunokimia sebagai metode pewarnaan sitoplasma yang disukai untuk mempelajari respons tubuh terhadap karsinoma. Proses ini meliputi deparafinisasi, pencucian hidrogen peroksida dan pemanasan sampel dalam larutan pengambilan antigen.
Karsinoma hepatoseluler adalah bentuk yang relatif umum dari kanker ganas pada manusia. Ini adalah kanker yang terutama mempengaruhi hati dan ada sekitar 16,000 kasus baru kanker setiap tahun di Amerika Serikat. Sebuah pewarna atau pembuat, yang disebut Thyroid Transcription Factor-1 (TTF), telah dikembangkan oleh para ilmuwan untuk membedakan sel kanker primer dari sel kanker metastatik yang lebih berbahaya.