Penjara militer adalah penjara yang dibangun dan dipelihara oleh militer, yang dapat digunakan untuk menahan anggota militer yang telah melakukan kejahatan yang berkaitan dengan dinas militer, tawanan perang, atau orang yang mengancam keamanan nasional. Kondisi di penjara jenis ini dan cara penjara digunakan tergantung pada negara yang bersangkutan. Di beberapa daerah, narapidana di fasilitas jenis ini mungkin menerima perlakuan yang lebih baik daripada narapidana yang telah melakukan kejahatan lain, terutama karena seringkali ada aturan ketat tentang perlakuan etis terhadap narapidana yang dipantau secara eksternal. Meski begitu, kondisi di dalam penjara militer mungkin tidak setransparan kelihatannya, dan dalam beberapa kasus, para tahanan mungkin diperlakukan dengan sangat buruk.
Sebagian besar negara memiliki semacam sistem penjara militer, tetapi beberapa lebih jelas daripada yang lain. Tahanan militer tipe pertama yang ditempatkan di penjara jenis ini terdiri dari orang-orang yang terlibat dengan militer yang telah melakukan kejahatan yang berkaitan dengan militer. Biasanya, para tahanan ini telah dihukum oleh pengadilan militer. Dalam pengertian ini, penjara militer dapat digunakan untuk menghukum pelanggar.
Jenis tahanan lain yang paling sering ditempatkan di penjara militer biasanya tidak bersalah melakukan kejahatan di dalam militer, melainkan musuh bangsa atau musuh pejuang. Tawanan perang biasanya ditahan di penjara jenis ini, tetapi ini bukan sistem yang dirancang secara eksplisit untuk menghukum tahanan. Ada banyak aturan internasional mengenai perlakuan terhadap tahanan jenis ini selama berada di dalam penjara, dan melanggar aturan ini dapat memiliki konsekuensi yang mengerikan bagi suatu negara.
Penjahat tertentu mungkin dianggap sangat berbahaya bagi suatu negara dan mungkin juga ditempatkan di penjara militer. Para penjahat ini, yang mungkin termasuk teroris atau mata-mata, seringkali lebih rentan terhadap perlakuan buruk daripada tawanan perang. Kadang-kadang dianggap dapat diterima untuk menginterogasi tahanan jenis ini untuk mendapatkan informasi. Penghakiman terhadap penjahat jenis ini juga rumit, sehingga narapidana semacam ini bahkan tidak bersalah ketika dia dijebloskan ke penjara.
Kualitas dan keadilan penjara militer seringkali dapat dianggap mewakili etika organisasi militer itu sendiri. Penjara-penjara ini dijalankan sepenuhnya oleh militer, dan perlakuan terhadap para tahanan mencerminkan sikap militer, yang mungkin diwujudkan tanpa pengawasan langsung. Melihat perilaku di dalam penjara militer oleh karena itu dapat digunakan untuk membicarakan perubahan yang perlu dilakukan secara keseluruhan untuk memastikan bahwa organisasi militer berperilaku etis dalam semua kegiatan.