Meskipun istilah “penjara” dan “penjara” kadang-kadang digunakan secara bergantian, sebagian besar penegak hukum membedakan keduanya. Terutama, perbedaannya adalah bahwa penjara digunakan oleh yurisdiksi lokal seperti kabupaten dan kota untuk mengurung orang untuk waktu yang singkat. Sebuah penjara, atau lembaga pemasyarakatan, dikelola oleh negara, dan digunakan untuk menampung penjahat yang dihukum untuk jangka waktu yang lebih lama. Keduanya merupakan bagian dari sistem pemasyarakatan yang lebih besar yang mencakup aspek lain dari peradilan pidana seperti pengadilan, penegakan hukum, dan laboratorium kejahatan.
Karena penjara dirancang untuk periode waktu yang singkat saja, penjara cenderung memiliki fasilitas yang lebih sedikit daripada penjara. Individu yang ditempatkan di penjara memiliki akses ke kamar mandi dan disediakan makanan dan air, dan di penjara dengan keamanan rendah, mereka mungkin dapat bersosialisasi di area umum selama periode tertentu dalam sehari. Sebagian besar penjara dirancang untuk menampung sejumlah kecil penjahat, dan memiliki keamanan yang relatif lemah jika dibandingkan dengan penjara, meskipun di daerah yang rawan kekerasan, penjara dapat dijalankan dengan garis yang sangat ketat. Penjara menampung orang-orang yang telah dihukum untuk menjalani hukuman singkat, orang-orang yang menunggu persidangan, orang-orang yang belum membayar jaminan, dan tahanan yang baru saja ditangkap karena dicurigai melakukan kejahatan. Para penjahat diproses melalui prosedur pemesanan, dan sistem peradilan pidana memutuskan apa yang harus dilakukan dengan mereka setelah itu.
Di penjara, fasilitasnya jauh lebih luas, karena beberapa tahanan mungkin menjalani hidup mereka di balik jeruji besi. Penjara memiliki area latihan, area umum untuk makan dan bersosialisasi di area dengan keamanan yang lebih rendah, fasilitas gereja, dan fasilitas pendidikan yang mencakup ruang kelas, perpustakaan, dan laboratorium untuk bekerja dan belajar. Di penjara dengan keamanan lebih rendah seperti yang digunakan untuk memenjarakan orang yang dihukum karena kejahatan. kejahatan kerah putih, penjara terkadang bisa disalahartikan sebagai hotel. Dalam kebanyakan kasus, narapidana diharapkan untuk berbagi sel dengan narapidana lain, dan karena durasi hukuman penjara yang panjang, struktur sosial dan politik yang kompleks muncul di antara para narapidana.
Penjara mampu menangani jauh lebih banyak tahanan daripada penjara, dan para tahanan biasanya dipisahkan berdasarkan jenis kejahatan yang mereka telah dihukum, sebagai tindakan pencegahan keamanan. Selain itu, di negara-negara yang masih menerapkan hukuman mati, lembaga pemasyarakatan memiliki fasilitas untuk melaksanakan hukuman mati, serta perumahan bagi para penjahat yang dijatuhi hukuman jenis ini. Secara umum, fasilitas penjara secara keseluruhan dijaga sangat ketat, meskipun tidak semua penjahat di dalamnya melakukan kekerasan, untuk mencegah pelarian atau potensi kekerasan antar sayap penjara. Staf penjara dilatih secara khusus untuk bekerja di lingkungan penjara, dan dewan gubernur yang ditunjuk oleh negara mengawasi manajemen penjara.