Kontra intelijen adalah cabang dari hierarki intelijen yang berkaitan dengan menjaga informasi dari tangan musuh asing dan domestik. Sejumlah teknik berbeda digunakan untuk menjaga keamanan informasi dan untuk menghasilkan informasi menyesatkan yang dapat digunakan untuk membuat agen musuh keluar jalur. Sebagian besar negara memiliki badan pemerintah yang mengawasi kontra intelijen, dan seringkali beberapa badan intelijen memiliki cabang kontra intelijen yang terpisah dari operasi reguler mereka.
Menjaga informasi yang berpotensi sensitif dari mata musuh adalah tujuan paling penting dari kontra-intelijen, dan banyak agen kontra-intelijen bekerja sama dengan agen keamanan untuk memastikan bahwa informasi diamankan dan dilindungi. Sebagai bagian dari misi mereka, badan kontra intelijen mengumpulkan informasi tentang badan intelijen asing dan musuh, melihat struktur mereka, metode kerja, dan operasi yang diketahui. Informasi ini digunakan untuk mengeksploitasi kerentanan dan lubang keamanan di pihak musuh sekaligus melindungi informasi penting.
Selain melindungi informasi, badan kontra intelijen juga bekerja untuk mencegah subversi, pembunuhan, sabotase, dan ancaman lain terhadap keamanan informasi dan keamanan nasional, dengan menggunakan informasi yang dikumpulkan dari organisasi musuh untuk tetap mendapat informasi tentang ancaman tersebut. Mereka mungkin juga bekerja secara langsung menentang operasi asing, melakukan apa yang dikenal sebagai kontra spionase dalam upaya untuk memimpin mata-mata dari bau. Sebagian besar badan kontra intelijen juga bekerja untuk menipu musuh dengan menanamkan informasi, membuat rencana yang menyesatkan, dan sebagainya, dengan harapan informasi ini akan sampai di tangan musuh, sehingga membuat musuh melakukan kesalahan.
Spionase adalah bidang yang kompleks dan menarik, dan operasi kontra intelijen dapat dilakukan di berbagai lokasi. Beberapa agen tinggal di kantor, bekerja dengan informasi digital dan mengawasi agen lain. Agen kontra intelijen juga biasanya memiliki departemen dengan agen yang bekerja pada dekripsi, analisis data, dan alat pendukung lainnya untuk membuat informasi yang dikumpulkan bermanfaat. Agen lain bekerja di lapangan, terkadang di bawah perlindungan sehingga mereka dapat mengumpulkan informasi tentang musuh. Mereka juga dapat bekerja sama dengan agen intelijen reguler dalam beberapa misi untuk memastikan hasil terbaik.
Banyak agen lapangan kontra intelijen bekerja di bawah perlindungan, dengan beberapa direkrut secara aktif dari dalam organisasi yang mempekerjakan mereka. Agen kontra intelijen memanfaatkan pembelot, tahi lalat, dan individu lain yang tidak terpengaruh untuk mengumpulkan informasi sensitif tentang kelompok, pemerintah, dan agen lawan, dan mereka juga dapat menggunakan agen mereka sendiri untuk menembus organisasi lawan dengan tujuan mengumpulkan informasi.