Harga etanol dapat dipengaruhi oleh sejumlah faktor yang berbeda. Bahan bakar ini bergantung pada produk pertanian, biasanya jagung atau gula, sehingga harga bahan pokok ini dapat membuat perbedaan besar dalam menentukan biaya bahan bakar etanol. Faktor lain yang mempengaruhi harga etanol antara lain biaya produksi, biaya transportasi, pajak atau tarif, dan subsidi. Beberapa di antaranya menciptakan tekanan harga naik sementara yang lain bekerja untuk menurunkan harga.
Untuk memahami peran utama harga komoditas pertanian dalam harga gas etanol, ada baiknya mengetahui apa yang mempengaruhi harga komoditas tersebut. Kondisi pertumbuhan seperti penyakit, cuaca, dan kondisi tanah semuanya memiliki dampak yang signifikan terhadap harga. Hukum penawaran dan permintaan mengajarkan bahwa jika permintaan tetap sama atau bertambah, dan penawaran menyusut, biayanya naik. Karena itu, ketika kondisi mengurangi hasil panen, harganya naik. Selama tahun-tahun yang lebih baik, harga etanol sebenarnya bisa turun.
Meskipun harga bahan dasar etanol ini penting, harganya tidak bergejolak seperti yang diperkirakan banyak orang. Jagung dan gula sering dibeli dengan kontrak, sehingga menghindari beberapa perubahan harga harian yang pasti akan terjadi. Oleh karena itu, harga etanol dapat tetap relatif stabil bahkan ketika terjadi fluktuasi yang luas di pasar komoditas. Ketika kontrak baru dinegosiasikan, harga etanol kemungkinan besar akan berubah karena harga komoditas yang diperbarui.
Faktor utama lainnya dalam menentukan harga etanol adalah biaya transportasi. Etanol harus diangkut dalam tangki di kereta api dan truk karena sangat korosif. Ada sangat sedikit saluran pipa yang dirancang untuk membawa material seperti itu. Oleh karena itu, etanol memiliki peningkatan biaya yang melekat jika dibandingkan dengan bensin dan minyak biasa.
Biaya transportasi agak diimbangi oleh fakta bahwa, di banyak tempat, ada subsidi dan keringanan pajak untuk etanol. Insentif semacam itu ada karena beberapa pemerintah ingin mendorong penggunaan etanol sebagai bahan bakar pembakaran yang lebih bersih. Ini membantu menekan harga etanol, meskipun secara artifisial.
Namun, kontrol artifisial pada harga ini dapat bekerja dua arah. Tarif dan pajak lainnya untuk etanol juga merupakan pengaruh harga buatan dan membantu mendorong harga naik, terutama jika menyangkut sumber etanol asing. Misalnya, etanol Brasil akan jauh lebih murah untuk dibeli di Amerika Serikat, kecuali ada tarif impornya. Hal ini membuat harga etanol Brasil setara, atau bahkan lebih mahal, daripada etanol domestik. Ini mungkin tidak bermanfaat bagi konsumen, tetapi membantu melindungi industri dalam negeri.