Ada banyak alternatif untuk toko iTunes®, masing-masing dengan kekuatan dan kelemahannya sendiri dan masing-masing tersedia di sejumlah platform komputer yang berbeda. Alternatif ini biasanya memungkinkan fungsionalitas serupa dengan apa yang tersedia melalui iTunes®, memungkinkan seseorang untuk mengatur dan mengelola iPod®-nya, serta menandai lagu dan streaming radio Internet digital ke pemutarnya. Beberapa contoh alternatif yang populer untuk toko iTunes® adalah Winamp®, SharePod, dan MediaMonkey.
Dengan integrasi perangkat keras, perangkat lunak, dan citra gaya hidup, Apple® menemukan kesuksesan yang signifikan dengan merilis iPod® dan implementasi toko iTunes® bagi pengguna untuk membeli musik dan mengelola lagu di pemutar mereka. Namun, beberapa pengguna iPod® tidak peduli dengan iTunes® dan menginginkan alternatif dari iTunes® store dan sistemnya untuk manajemen media. Sejumlah perusahaan dan program perangkat lunak yang berbeda telah menjawab panggilan ini dengan memberikan alternatif ini kepada pengguna komputer.
Beberapa contoh ini sama sekali tidak komprehensif dan hanya contoh program yang dapat ditemukan dan digunakan untuk manajemen iPod®. Winamp® adalah program yang telah tersedia selama lebih dari satu dekade dan menyediakan pemutar audio dan video untuk pengguna Windows®. Versi program yang lebih baru juga menyertakan dukungan iPod®, dan dapat digunakan untuk mengelola lagu dan daftar putar, serta menyinkronkan pemutar dengan berbagai podcast dan layanan streaming. Dengan ratusan skin dan add-on yang disesuaikan, Winamp® memberikan alternatif yang berguna untuk iTunes® store dan banyak fleksibilitas untuk setiap pengguna komputer.
SharePod adalah program yang dapat dijalankan langsung dari iPod® itu sendiri, memungkinkan seseorang yang tidak memiliki akses administratif yang diperlukan untuk menginstal program ke komputer untuk tetap menggunakannya. Sementara beberapa orang yang mencari alternatif untuk toko iTunes® mungkin merasa agak terbatas dan fungsinya terbatas, untuk pengguna dasar, iTunes dapat memenuhi sebagian besar kebutuhan dasar iPod® mereka. Ini sederhana dan mudah digunakan, tetapi tidak menawarkan berbagai pilihan yang ditampilkan oleh program lain.
MediaMonkey adalah alternatif lain dan memungkinkan fungsionalitas dan personalisasi tingkat tinggi bagi pengguna. Sementara pengguna tingkat lanjut kemungkinan akan menghargai berbagai fungsi dan opsi yang diizinkan oleh program, beberapa pengguna mungkin merasa kewalahan. Pada akhirnya, pengguna individu harus menemukan program yang tepat untuk mereka, menemukan kombinasi optimal dari tata letak intuitif dan fleksibilitas saat mencari alternatif selain iTunes® store.