Dua aplikasi utama dari pengenalan iris adalah identifikasi dan kontrol akses, meskipun ini bukan konsep yang saling eksklusif dan yang satu sering digunakan untuk yang lain. Identifikasi melibatkan penggunaan gambar awal yang diambil oleh pemindai iris, yang disimpan dalam database, dan kemudian dapat digunakan untuk mengidentifikasi orang itu lagi nanti. Jenis teknologi ini sudah digunakan untuk lebih cepat mengidentifikasi penumpang dan personel untuk pesawat dan di perlintasan perbatasan, serta untuk identifikasi anak-anak. Penggunaan pengenalan iris dalam kontrol akses biasanya melibatkan penggunaan pemindai biometrik yang memerlukan pemindaian iris untuk memungkinkan akses ke sistem komputer atau untuk membuka pintu.
Pengenalan iris adalah proses di mana kamera mengambil foto iris seseorang, yang merupakan struktur yang mengelilingi pupil mata. Gambar ini kemudian digunakan untuk menghasilkan pengidentifikasi matematis yang unik untuk orang itu dan iris matanya. Metode semacam itu tidak terlalu mengganggu dibandingkan pemindai retina yang dapat menyorotkan cahaya inframerah ke mata seseorang, dan lebih unik daripada pengenal sidik jari.
Salah satu aplikasi paling umum dari pengenalan iris adalah dalam identifikasi untuk sejumlah tujuan yang berbeda. Setelah seseorang melakukan pemindaian iris pada awalnya, maka pengidentifikasi untuk orang itu dibuat yang unik untuknya. Pengidentifikasi ini didasarkan pada struktur iris, yang tidak berubah karena penuaan dan unik bahkan antara kembar identik dan kembar tiga.
Pengenalan iris untuk identifikasi kemudian dapat digunakan untuk mengidentifikasi individu dengan cepat dan aman. Awak dan personel yang bekerja di bandara atau maskapai penerbangan dapat menggunakan jenis identifikasi ini untuk lebih cepat dan mudah menetapkan identitas di pos pemeriksaan keamanan. Pengenalan iris juga telah digunakan di perbatasan sibuk di Eropa dan daerah lain, untuk memungkinkan orang yang sering melintasi perbatasan internasional untuk melakukannya dengan lebih mudah. Identifikasi melalui jenis pengenalan ini juga dapat digunakan untuk melacak tahanan di pangkalan penegak hukum dan militer, serta untuk anak-anak yang kemudian dapat lebih mudah dicari jika hilang.
Kontrol akses adalah aplikasi utama lain dari pengenalan iris yang telah digunakan sejauh ini, dan biasanya pertama-tama bergantung pada identifikasi. Sebuah pintu, misalnya, dapat dikunci dan hanya dapat dibuka melalui pengenalan yang tepat dari individu yang disetujui, biasanya melalui pemindai biometrik yang dapat digunakan untuk mengenali iris mata individu tersebut. Sistem komputer dapat diatur serupa, dengan mengharuskan pemindai mengenali iris mata pengguna yang berwenang sebelum mengizinkan dekripsi dan akses ke sistem. Jenis sistem keamanan pengenalan iris mata ini menjadi semakin terjangkau dan kemungkinan akan dikembangkan dan digunakan lebih jauh seiring dengan semakin mudahnya akses teknologi.