I allmänhet är det möjligt att använda margarin för bakning om det är äkta margarin med tillräckligt hög fetthalt. Äkta margarin kan ersättas i lika stora mängder med smör, även om det kommer att ge en annan smak till den bakade rätten. Det finns flera modifierade eller blandade versioner av margarin som kanske inte är lämpliga för bakning, men mest för att de inte har tillräckligt med fett för att orsaka de nödvändiga reaktionerna i livsmedel och för att de har en hög vattenhalt. Det är bäst att undvika fettfritt margarin för bakning, samt produkter som är förpackade som margarin men är märkta som pålägg eller substitut. Margarin har andra egenskaper än smör, så när man använder margarin för bakning kan det vara fördelaktigt att frysa in det före gräddning, vara extra försiktig när man smälter det och vara uppmärksam på eventuella tillsatser som smakämnen som kan ha tillsatts under tillverkningen.
Äkta margarin tillverkas främst av fetter som kommer från vegetabiliska oljor. Definitionen av ”riktigt margarin” är att det måste innehålla minst 80 procent fett, vilket gör det likvärdigt med smör i det avseendet och gör det möjligt att använda margarin för att baka nästan alla typer av mat. Smördeg och sirapsbaserade godisar är två undantag om inte recepten har utvecklats specifikt för att använda margarin. Mängden fett i margarin reduceras ibland för att göra en produkt med låg fetthalt eller fettfri, som kanske – eller kanske inte – är lämplig för bakning. I allmänhet kan margarin som har en fetthalt på mer än 50 procent användas för bakning.
Om mängden fett minskar i margarin, ersätts det ofta med vatten. När du använder margarin för att baka kan överflödigt vatten snabbt förvandla en smet eller deg till en mycket soppig röra och bör därför undvikas. Vissa recept står för det extra vattnet i fettfria margariner och justerar de återstående ingredienserna därefter. I dessa fall kan användning av margarin med högre fetthalt för bakning resultera i en smet som är för torr.
Om ett recept kräver att margarinet ska krämas eller vispas med socker, kan det göras lättare om margarinet först är delvis fryst. Detta kommer att hjälpa den att behålla sin struktur medan den vispas. Dessutom är smältpunkten för margarin lägre än för smör, vilket innebär att margarin smälter lättare. Vissa margarin har tillsatser som aromer eller salt som kan påverka smaken på den slutliga rätten, så att välja rätt margarin för bakning kan innebära att vara medveten om dess ingredienser.