Det finns flera sätt att bli av med ett trojanskt virus från ett infekterat datorsystem, och varje försening från användarens sida riskerar hans personliga information. Den kanske mest direkta vägen för en vanlig person skulle vara att installera ett omfattande antivirusprogram som kan ta bort trojanen automatiskt, men det kommer också att finnas tillfällen då ett oidentifierat hot inte känns igen och det måste tas bort manuellt. Ibland kan detta vara så enkelt som att ta bort ett korrupt program från det infekterade systemet med hjälp av kontrollpanelen, men i andra fall kan det kräva att man faktiskt söker upp det trojanska viruset och tvångsborttagning av det där det installerades.
Det mest effektiva sättet att bli av med ett trojanskt virus är att ha programvara som kan upptäcka det i realtid, alltså så fort det har laddats ner, och ett antivirusprogram som stoppar och eliminerar det. Många av antivirusskannrarna, inklusive gratisversioner, erbjuder realtidsskydd, men det måste aktiveras; om programikonen inte visas i det nedre högra hörnet, så är den inte igång för närvarande. Om ett trojanskt virus eller någon typ av skadlig programvara misstänks, kör en fullständig genomsökning på den infekterade datorn och sätt i karantän eller radera någon av de hittade filerna. Naturligtvis är antivirusprogrammet praktiskt taget värdelöst om det inte förblir fullt uppdaterat, så se till att ha automatiska uppdateringar påslagna och besök tillverkarens webbplats ofta för att leta efter nyare versioner.
Om antivirusprogrammet inte lyckas bli av med ett trojanskt virus, måste det inaktiveras automatiskt. På alla Windows®-system som är äldre än Windows 7®, välj ”start” och sedan ”kör” och skriv ”msconfig” i fältet. Klicka sedan på startfliken och bläddra igenom de listade posterna, leta efter alla namn eller sökvägar som inte tillhör ett viktigt program. Skriv ner var och en av de misstänkta posterna och gör en webbsökning för att identifiera vad var och en av dem är, och inaktivera de som är tvivelaktiga. För Windows 7®-system kan samma tjänst nås från kontrollpanelen under fliken ”program”.
När alla misstänkta program som laddas vid start har identifierats, skriv ner ”platsen” för filen och manuellt lokalisera och ta bort den från systemet. En alternativ metod för att bli av med ett trojanskt virus skulle vara att utföra en extra webbsökning som innehöll namnet på filen och ”borttagning” i texten; chansen är stor att andra har stött på exakt samma problem och steg-för-steg-instruktioner kan listas på ett forum eller en antiviruswebbplats. En sista metod för att bli av med ett trojanskt virus skulle vara att ladda ner och installera ett helt separat antivirusprogram, eftersom även de bästa inte fångar 100 % av de trojanska virusen där ute, men denna metod skulle kräva att det aktuella antivirusprogrammet avinstalleras först.
Ett annat bra alternativ skulle vara att implementera operativsystemets återställningsalternativ, men eftersom all data som skapades efter den återställningspunkten kommer att gå förlorad, rekommenderas det inte om det inte är absolut nödvändigt. När allt annat misslyckas kan systemet också formateras om med en ren installation av ett operativsystem. Detta återställer datorn till fabriksinställningarna.