North Carolinas delstatsflagga som den flygs för närvarande antogs i mars 1885. General Johnston Jones är krediterad för att ha föreslagit lagförslaget som ändrade North Carolinas delstatsflagga från dess tidigare design, som representerade North Carolina under inbördeskriget. Den nuvarande North Carolina-flaggan visar en bred, horisontell röd toppstapel, ovanför en bred, horisontell vit nedre stapel. En vertikal blå stapel dekorerar flaggans vänstra sida, och ovanpå denna stapel finns bokstäverna NC i guld, åtskilda av en vit stjärna. Ovanför dessa bokstäver proklamerar en gyllene banderoll datumet för Mecklenburgs självständighetsförklaring, 20 maj 1775, med svarta bokstäver. En liknande banner under bokstäverna NC visar datumet för Halifax Resolves, 12 april 1776.
Den första personen som föreslog antagandet av en delstatsflagga i North Carolina tros ha varit överste John D. Whitford. Han sägs ha lagt sitt förslag den 20 maj 1861, dagen då North Carolina röstade för att avskilja sig från Amerikas förenta stater och ansluta sig till Amerikas konfedererade stater. Medan North Carolina Convention godkände Whitfords flaggförslag, avvisade gruppen till slut hans design. De accepterade istället en design skapad av William Jarl Browne. Denna design antogs officiellt av North Carolina-konventionen den 22 juni 1861 och förblev i bruk till efter inbördeskriget.
North Carolinas ursprungliga delstatsflagga är mycket lik designen den nuvarande delstatsflaggan i North Carolina. Placeringen av de röda och blå staplarna som de visas på statens moderna flagga var omvänd. Den vertikala stapeln till vänster var röd och den horisontella övre stapeln till höger var blå. Den röda vertikala stapeln bar vanligtvis en vit stjärna.
Ovanför denna stjärna skrevs i allmänhet datumet för Mecklenburgs självständighetsförklaring, och under det skrevs i allmänhet datumet för North Carolinas officiella arv från USA, 20 maj 1861. Historiker tror att North Carolina var en av endast två konfedererade stater som utfärda officiella statsflaggor till sina regementen under det amerikanska inbördeskriget.
De flesta tror att behovet av en ny delstatsflagga i North Carolina blev tydligt när North Carolina återförenade sig med USA efter det amerikanska inbördeskriget. Delstaten North Carolina fortsätter att använda den grundläggande flaggdesignen som antogs i mars 1885. En lag från delstatens lagstiftande församling 1991 förlängde North Carolinas delstatsflagga och tog bort kommatecken från datumen som visades på den.