Mikroskop stereo juga dikenal sebagai mikroskop stereo, mikroskop inspeksi, dan mikroskop diseksi. Mereka terlihat mirip dengan mikroskop senyawa binokular, tetapi mereka memiliki perbedaan penting. Mikroskop binokular majemuk memiliki satu lensa objektif dan sepasang lensa okuler yang serasi. Prisma digunakan untuk memisahkan berkas cahaya dari bayangan yang dibentuk oleh lensa objektif ke masing-masing mata. Ini tidak sama dengan mikroskop stereo, meskipun memiliki dua lensa mata.
Perbedaan utama dalam struktur antara mikroskop majemuk binokular dan mikroskop stereo adalah bahwa mikroskop stereo tidak hanya memiliki dua lensa mata tetapi juga dua tujuan. Karena itu, penampil menggunakan mikroskop stereo melihat objek dari dua sudut yang sedikit berbeda, membuat objek tampak dalam tiga dimensi. Namun, dua jenis mikroskop stereo yang berbeda — tetap dan zoom — masih menawarkan variasi perbesaran dan apakah seseorang dapat mengubahnya. Seringkali, mikroskop stereo memiliki daya yang lebih rendah daripada mikroskop majemuk. Apakah mereka memiliki perbesaran tetap atau perbesaran, mereka umumnya di bawah perbesaran 100x. Namun demikian, ada jenis mikroskop stereo yang memiliki desain modular, memungkinkan pengguna untuk merakit dudukan, perangkat pencahayaan, tujuan, dan lensa mata yang sesuai dengan kebutuhan.
Ada perbedaan penting lainnya antara mikroskop stereo dan mikroskop majemuk juga. Mikroskop stereo memberi penampil gambar tegak lurus dan benar secara lateral sebagai lawan dari gambar terbalik dan mundur yang disediakan mikroskop majemuk. Mikroskop stereo juga memiliki jarak yang lebih jauh dalam kebanyakan kasus antara panggung dan objektif, sehingga spesimen dapat dikerjakan atau dibedah saat sedang dilihat. Selain itu, sistem lengan fleksibel menciptakan jenis mikroskop stereo yang berbeda: mikroskop di mana panggungnya adalah permukaan apa pun yang Anda suka dan tersedia lebih banyak area kerja. Dengan sistem ini, dasar mikroskop stereo tidak ada, dan bagian atas dengan lensa okuler dan objektif dipasang pada lengan fleksibel yang dapat diangkat hingga ketinggian 2.5 kaki (762 meter). Sistem kustom juga dapat dirancang dengan kepala mikroskop stereo yang dipasang pada dudukan boom.
Perbedaan lain dalam jenis mikroskop stereo adalah jenis iluminasi yang mereka gunakan—misalnya, lampu cincin LED, lampu neon, atau serat optik, apakah dilengkapi dengan kamera digital dan/atau kemampuan video, dan apakah dilengkapi dengan kamera digital dan/atau kemampuan video. pemantau video. Berbagai jenis mikroskop stereo dibuat untuk pengguna dari anak-anak hingga profesional. Harga berkisar dari kurang dari $100 Dolar AS (USD) hingga setidaknya $14,000 USD—ini untuk Mikroskop Stereo Zoom Trinocular Leica M125 dengan kepala miring yang ergonomis, basis cahaya yang ditransmisikan serat optik brightfield/darkfield, dan rentang zoom 8x menjadi 100x.