Gen pengatur adalah gen yang menentukan apakah gen akan diekspresikan atau tidak. Juga dikenal sebagai gen pengatur, beberapa gen pengatur berkaitan dengan gen tertentu, sementara yang lain dapat menangani sekelompok gen terkait. Gen-gen ini diproduksi oleh semua organisme, dan merupakan bagian penting dari sistem checks and balances yang digunakan untuk memoderasi ekspresi genetik sehingga suatu organisme beroperasi secara efektif dan efisien.
Dalam beberapa kasus, gen pengatur bertindak sebagai aktivator, mengaktifkan gen atau kelompok gen sehingga ekspresi dapat terjadi. Gen pengatur dapat merespon tekanan lingkungan, seperti ketika aktivator dalam bakteri mengaktifkan gen untuk resistensi antibiotik ketika organisme berada di sekitar antibiotik. Dalam organisme multiseluler yang kompleks, gen pengatur terlibat dalam proses diferensiasi sel, menentukan sel akan berkembang menjadi apa. Hal ini memungkinkan organisme memiliki keragaman besar dalam jenis sel, mulai dari neuron hingga sel kulit.
Gen lain bertindak sebagai represor, mematikan gen sehingga tidak dapat diekspresikan. Seperti aktivator, supresor dapat beraksi dalam menanggapi sejumlah hal yang berbeda, termasuk tekanan lingkungan dan kebutuhan perkembangan embrio. Gen-gen ini dapat melakukan hal-hal seperti mencegah transkripsi RNA sehingga materi genetik tidak dapat digunakan. Jenis gen pengatur ini juga dapat bertindak untuk menekan gen berbahaya, menjaga organisme tetap sehat.
Seperti gen lainnya, gen pengatur mengandung informasi yang digunakan untuk mengkode protein. Mereka ditranskripsi menjadi RNA, yang digunakan oleh sel untuk membangun protein yang dirancang untuk diekspresikan oleh gen ini. Setelah dibuat, protein dapat bertindak dalam berbagai cara pada materi genetik di dalam sel, tergantung pada apa yang dimaksudkan untuk dilakukan. Misalnya, gen pengatur mungkin membuat protein yang mengunci bagian DNA sehingga tidak dapat ditranskripsi.
Identifikasi gen pengatur dilakukan dengan mempelajari genom, menemukan gen spesifik, melihat protein yang dikodekannya, dan mempelajari pengaruh protein tersebut. Para peneliti yang bekerja dengan organisme seperti lalat buah dapat melakukan hal-hal seperti mematikan atau menghidupkan gen dan kemudian mengamati hasilnya untuk mempelajari lebih lanjut tentang apa yang dilakukan gen-gen ini. Pada organisme seperti manusia, di mana manipulasi genetik tidak dianggap etis, peneliti dapat membandingkan informasi genetik antara banyak manusia untuk mencari persamaan dan perbedaan, menggunakan informasi ini untuk mempersempit fungsi gen tertentu.