Pengendapan etanol adalah proses ekstraksi DNA dimana bahan ini dibawa keluar dari larutan asin dengan penambahan etanol. DNA adalah heliks ganda dari dua tulang punggung fosfat-gula bermuatan negatif, di mana asam nukleat terikat, sehingga ion bermuatan positif seperti kalsium atau natrium akan tertarik ke tulang punggungnya. Garam ionik dan DNA keduanya mudah larut dalam air tetapi tidak mudah larut dalam etanol karena keduanya membutuhkan pelarut polar seperti air untuk berdisosiasi. Menambahkan etanol ke larutan asin, oleh karena itu, menyebabkan DNA menjadi pelet dan mengendap dari larutan.
DNA adalah molekul polar dan, karena “suka larut seperti”, molekul polar mudah larut dalam pelarut polar. Meskipun mudah larut dalam air, DNA tidak larut dalam pelarut yang kurang polar seperti etanol. Etanol masih merupakan molekul polar, tetapi memiliki rantai karbon nonpolar yang pendek. Perbedaan kecil dalam polaritas ini memungkinkan terjadinya pengendapan etanol berdasarkan ketidakmampuan DNA untuk larut dengan mudah dalam etanol seperti halnya dalam air.
Jika seorang eksperimen menambahkan etanol langsung ke larutan DNA terlarut dalam air, molekul tidak akan mengendap. Hal ini karena DNA masih akan dikelilingi oleh molekul polar air dan gugus polar pada etanol yang dapat berfungsi seperti perisai, memisahkan DNA bermuatan dari rantai karbon etanol yang tidak bermuatan. Garam telah terbukti menjadi faktor penting dalam proses tersebut.
Dengan menambahkan garam ke dalam larutan sebelum etanol ditambahkan, DNA dibebaskan dari ketergantungannya pada air sebagai pelindung polaritas. Unsur-unsur positif garam, yang berdisosiasi dan merupakan ion bermuatan positif yang mengambang bebas dalam air, sangat tertarik pada muatan negatif pada DNA. Daya tarik garam ini menyebabkan DNA menjadi tertarik pada ion-ion tersebut daripada ke polaritas positif molekul air, memungkinkannya untuk menarik diri dari air dengan mudah ketika pelarut yang kurang polar seperti etanol ditambahkan.
Dengan membiarkan kalsium atau ion bermuatan positif lainnya tertarik ke DNA, kemudian mengendapkan garam keluar dari larutan dengan mengurangi kadar air dengan menambahkan etanol, para ilmuwan diberikan metode melalui mana DNA dapat dibawa keluar dari larutan. Banyak penelitian bergantung pada isolasi dan pemrosesan DNA untuk penyaringan genetik dan ekspresi protein, sehingga banyak peneliti percaya bahwa pengendapan etanol telah terbukti menjadi alat ilmiah yang sangat berharga.