Bedah rekonstruktif genital biasanya mengacu pada operasi untuk memperbaiki cacat lahir atau malformasi di area genital yang disebabkan oleh trauma atau penyakit. Jenis operasi ini juga bisa disebut operasi interseks, yang dirancang untuk memperbaiki cacat pada bayi yang lahir dengan organ seks eksternal yang ambigu. Operasi penggantian kelamin merupakan bentuk lain dari operasi rekonstruktif genital yang dipilih oleh individu transgender atau transeksual. Pembedahan rekonstruktif genital mungkin dilakukan untuk alasan kosmetik, sementara operasi lain memungkinkan fungsi seksual normal.
Bedah rekonstruktif genital interseks dapat dilakukan pada bayi, anak-anak, atau orang dewasa yang lahir dengan cacat lahir. Pada wanita, pembedahan dapat mengurangi ukuran klitoris, membuat lubang untuk menstruasi, dan mengangkat testis. Operasi pada bayi laki-laki dapat mengobati testis yang tidak turun dan membuka jalur di penis untuk buang air kecil. Operasi ini biasanya bertujuan untuk membuat alat kelamin tampak normal pada anak yang lahir dengan organ seks yang gagal berkembang sebagai laki-laki atau perempuan.
Bedah rekonstruktif kelamin transeksual dapat mengubah penampilan organ seks dari perempuan menjadi laki-laki. Implan penis dan pembuatan skrotum dari jaringan yang diambil dari tempat lain di tubuh merupakan dua prosedur umum. Implan saline atau gel yang ditempatkan ke dalam skrotum baru biasanya terjadi pada operasi rekonstruktif genital wanita-ke-pria. Operasi ini mungkin termasuk membuat penis dari jaringan yang diambil dari mulut atau vagina. Batang implan atau alat pompa dapat memungkinkan ereksi jika bedah mikro berhasil menyambungkan kembali pembuluh darah dan saraf.
Pembedahan kelamin Bedah rekonstruktif genital untuk pria mungkin termasuk menggunakan bagian penis yang mengandung ujung saraf untuk membuat klitoris. Hal ini memungkinkan transeksual pria-wanita untuk mempertahankan sensasi dan kemampuan untuk mencapai orgasme. Pembedahan mungkin juga termasuk menggunakan jaringan dari penis atau skrotum untuk membuat vagina. Bila jaringan ini tidak cocok, bagian dari usus besar dapat digunakan untuk membentuk vagina. Jaringan yang ditransplantasikan mungkin juga berfungsi sebagai bibir vagina bagian dalam dan luar.
Pembedahan rekonstruktif genital mungkin juga dilakukan karena alasan kosmetik semata. Beberapa pria dilahirkan dengan lubang urin di bagian bawah penis, atau penis yang melengkung. Pria gemuk mungkin menyadari penis mereka tidak terlihat karena dikelilingi oleh lemak. Operasi untuk memperbaiki cacat ini biasanya dilakukan oleh ahli bedah plastik.
Seorang wanita mungkin menginginkan operasi untuk mengencangkan vagina yang diregangkan saat melahirkan. Prosedur rekonstruktif lainnya mungkin mengurangi ukuran daerah kemaluan, operasi yang disebut labiaplasty, ketika menyebabkan tonjolan yang tidak sedap dipandang melalui pakaian. Kelebihan lemak juga bisa dihilangkan melalui sedot lemak.