Det finns flera typer av enzymer i matsmältningssystemet, var och en utformad för att bryta ner olika delar av maten, som kan hittas på olika ställen i matsmältningssystemet. Huvudkategorierna av enzymer är amylas, lipas, proteas och nukleas. Körtlar i munnen, magen, tunntarmen och bukspottkörteln utsöndrar några eller alla av dessa när maten passerar längs matsmältningskanalen så att den kan brytas ner och användas av kroppen. Majoriteten av matsmältningsenzymer finns i bukspottkörteljuice, även om de också finns i saliv och magsafter.
Ett av de första enzymerna som startar matsmältningsprocessen är amylas. Denna typ av enzym är utformad för att bryta ner kolhydrater till enkla sockerarter som kroppen kan bearbeta. Det utsöndras först i munnen av spottkörtlarna, där det börjar smälta mat som frukt, grönsaker och bönor. Mer amylas produceras sedan av bukspottkörteln och skickas till tunntarmen, där det fortsätter att hjälpa till att bryta ner kolhydrater. Det finns flera underkategorier av amylas, var och en utformad för att bearbeta vissa typer av kolhydrater; till exempel, laktas bryter ner mjölksocker och sukras bryter ner komplex stärkelse och socker.
Proteas är den grupp av enzymer i matsmältningssystemet som bryter ner proteiner som finns i kött, nötter och ostar. Magen och bukspottkörteln skapar proteas, så bearbetningen av proteiner börjar längre in i matsmältningssystemet än kolhydrater. Protein måste brytas ner till aminosyror, som är avgörande för att alla celler ska fungera. De huvudsakliga typerna av proteaser som finns i människokroppen är pepsin och peptidas.
Ett annat av enzymerna i matsmältningssystemet är lipas. Lipases funktion är att bryta ner fetter, såsom de som finns i oljor, kött och mejeriprodukter. En del lipas genereras i munnen och magen, men det mesta kommer från bukspottkörteln och gör sitt arbete i tunntarmen. Här arbetar det med galla, genererad av levern, som emulgerar de stora fettmolekylerna, vilket gör dem mindre så att lipaset sedan kan bryta ner det ytterligare till glycerol och fettsyror.
Bukspottkörteln genererar också det sista av matsmältningssystemets enzymer, nukleas. Detta enzym är gjort för att bryta ner nukleinsyror som DNA och RNA. Det verkar för att separera bindningarna mellan nukleotider, som sedan frigör kväve och enkla sockerarter.