Bakteri patogen adalah bakteri yang mampu menyebabkan penyakit. Manusia umumnya paling tertarik pada spesies bakteri yang dapat menyebabkan penyakit pada manusia, meskipun bakteri ini juga dapat menginfeksi hewan dan tumbuhan lain. Beberapa bakteri patogen terkenal termasuk Streptococcus, Staphylococcus, Tuberculosis, dan Escherichia coli, di antara banyak lainnya. Di seluruh dunia, bakteri ini menyebabkan banyak penyakit dan epidemi penyakit.
Bakteri intraseluler merupakan bakteri patogen yang selalu menimbulkan penyakit ketika masuk ke dalam tubuh manusia, berbeda dengan bakteri kondisional yang dapat menyebabkan infeksi dan penyakit pada keadaan tertentu. Banyak bakteri yang kondisional, mengambil keuntungan dari kebetulan seperti luka terbuka untuk menggandakan diri dan menyebarkan penyakit. Bakteri oportunistik adalah bakteri yang biasanya tidak menyebabkan penyakit, tetapi akan menyebabkan penyakit jika pasien memiliki sistem kekebalan yang terganggu.
Banyak manusia sebenarnya menjadi tuan rumah sejumlah besar bakteri pada waktu tertentu. Bakteri ini dikenal sebagai bakteri komensal atau “baik”, karena mereka melakukan beberapa fungsi penting dan berguna dalam tubuh manusia. Bakteri komensal di usus, misalnya, membantu memecah dan mencerna makanan.
Bakteri patogen dapat menyebar melalui populasi manusia dalam berbagai cara. Udara, air, dan tanah adalah vektor umum, dan manusia juga dapat menularkan bakteri secara langsung satu sama lain melalui kontak fisik. Beberapa bakteri sangat mahir di lokasi kolonisasi seperti kenop pintu dan peralatan medis, memungkinkan mereka berpindah dari orang ke orang dengan mudah, sementara yang lain jauh lebih tidak ganas, dan akan mati jika mereka jauh dari inang manusia terlalu lama.
Tuberkulosis adalah salah satu pembunuh terkemuka di dunia, membuatnya menjadi bakteri patogen yang menarik. Bakteri patogen juga bertanggung jawab atas masalah usus seperti diare kronis, dan mereka dapat menyebabkan infeksi di banyak bagian tubuh. Beberapa mematikan, seperti bakteri Legionella, sementara yang lain relatif jinak, terutama jika pengobatan dapat diakses. Salah satu masalah terbesar di negara berkembang adalah perkembangbiakan infeksi bakteri yang dapat diobati yang tidak terkendali melalui populasi karena kurangnya akses ke obat-obatan dan perawatan medis.
Pengobatan infeksi dengan bakteri patogen melibatkan penggunaan antibiotik, obat yang telah diformulasikan secara khusus untuk membunuh bakteri. Beberapa bakteri telah mengembangkan resistensi antibiotik, yang berarti bahwa mereka mungkin tidak menanggapi banyak antibiotik umum. Ini memaksa perusahaan obat untuk meneliti antibiotik baru sehingga mereka dapat tetap berada di depan mutasi bakteri.