Patogen tanaman adalah organisme penyebab penyakit yang menyerang tanaman. Patogen tanaman menarik karena sejumlah alasan, mulai dari kekhawatiran tentang ekosistem yang rapuh hingga keinginan untuk melindungi pasokan makanan. Ada banyak jenis patogen yang dapat menyerang tanaman, termasuk virus, bakteri, protozoa, parasit, cacing, dan archaea. Orang yang mempelajari patogen tanaman dikenal sebagai ahli fitopatologi atau ahli patologi tanaman.
Patogen tanaman dapat menyerang dengan berbagai cara. Beberapa menjajah jaringan di tanaman, yang lain menetap di permukaan tanaman, dan yang lain mungkin pergi ke area tertentu seperti akar, batang, dan daun. Patogen biasanya menyebabkan masalah seperti kematian jaringan, pencoklatan, penurunan buah, masalah dengan pengaturan bunga, dan sebagainya. Dalam kasus ekstrim, mereka dapat membunuh tanaman inang.
Seperti halnya patogen yang menyerang manusia, patogen tanaman sangat beragam. Patogen tanaman mungkin telah berevolusi untuk menyerang genus atau spesies tanaman tertentu, atau untuk menginfeksi sebagian besar tanaman secara lebih luas. Beberapa patogen tanaman memanfaatkan proses biologis spesifik yang dapat terjadi dalam spesies inang, sementara yang lain menetap menggunakan tanaman sebagai rumah karena mereka memiliki sumber daya yang berharga seperti nutrisi.
Di bidang pertanian, patogen tanaman menyebabkan kerusakan serius setiap tahun. Setelah tanaman diserang oleh patogen tanaman, produknya biasanya tidak dapat dijual. Investasi di pabrik dianggap tidak berguna oleh patogen, dan biasanya biaya besar terlibat dalam pemberantasan patogen dari lapangan dan mengatasi dampak lain dari infestasi. Dalam beberapa kasus, sebuah ladang menjadi sangat sakit sehingga harus dibiarkan bera selama beberapa tahun untuk pulih sebelum upaya dilakukan untuk menanam tanaman di sana lagi.
Patogen tanaman juga dapat menjadi perhatian ketika secara tidak sengaja diimpor atau sengaja dimasukkan ke ekosistem yang rentan. Beberapa negara kepulauan sangat memperhatikan hal ini, karena mereka memiliki flora unik yang dapat dihancurkan oleh patogen yang masuk dari daratan. Patogen juga bisa menjadi masalah ketika menyebar antar kabupaten; misalnya, patogen yang menyerang buah anggur dan terbatas di Eropa dapat menimbulkan ancaman besar jika mencapai kilang anggur di Australia, yang mungkin tidak siap untuk mengelola patogen tersebut.
Ahli ekologi tertarik untuk mempelajari patogen yang dapat menginfeksi tanaman, melihat efeknya pada berbagai spesies dan ekosistem. Ketika tanaman mengalami kematian dan masalah lainnya, patogen tanaman sering menjadi penyebabnya, dan ahli patologi dapat dipanggil untuk mengetahui patogen mana yang bertanggung jawab, dan mengembangkan rencana untuk mengelolanya.