Meskipun teriakan “Ini perempuan!” atau “Dia laki-laki!” itulah yang diharapkan kebanyakan orang di ruang bersalin, terkadang jenis kelaminnya tidak langsung terlihat, karena bayi memiliki alat kelamin yang tidak jelas yang mungkin memiliki karakteristik alat kelamin laki-laki dan perempuan, sehingga sulit untuk menentukan jenis kelamin anak. Dalam kasus ini, mungkin diperlukan beberapa waktu untuk menentukan jenis kelamin genetik bayi, dan untuk memutuskan langkah apa yang harus diambil.
Sejumlah hal yang berbeda dapat menyebabkan alat kelamin yang ambigu. Salah satunya adalah kelainan kromosom, yang jumlahnya cukup banyak, yang mengarah pada perkembangan organ seks yang tidak biasa selama perkembangan janin. Orang dengan kelainan kromosom mungkin memiliki, misalnya, kromosom seks XXY. Beberapa kondisi kongenital seperti hiperplasia adrenal kongenital juga dapat menyebabkan genitalia ambigu.
Hal-hal lain dapat mencakup kelainan kadar hormon selama perkembangan, variasi acak yang terjadi selama perkembangan janin, atau paparan obat yang diminum ibu. Semua faktor ini dapat menyebabkan hal-hal seperti klitoris yang membesar pada anak perempuan, serta variasi lain pada alat kelamin wanita yang dapat membuat jenis kelamin bayi tidak jelas, sedangkan anak laki-laki mungkin memiliki penis yang lebih kecil dari rata-rata, atau variasi dalam pembentukan penis. testis mereka yang dapat menyebabkan kebingungan ketika mencoba untuk menentukan jenis kelamin bayi.
Dalam banyak kasus, alat kelamin ambigu tidak berbahaya, dan mereka terutama ditangani karena kekhawatiran tentang sosialisasi. Dalam kasus lain, mereka terkait dengan kondisi genetik yang berbahaya, dalam hal ini mereka merupakan gejala dari masalah yang lebih besar. Untuk alasan ini, dokter suka meluangkan waktu untuk mencari tahu mengapa bayi memiliki alat kelamin yang ambigu, sehingga orang tua akan mengetahui cerita lengkapnya, yang akan memungkinkan mereka untuk membuat keputusan yang paling tepat tentang apa yang harus dilakukan.
Ketika alat kelamin ambigu disebabkan oleh kondisi berbahaya, kondisi itu perlu diobati atau ditangani sebelum beralih ke masalah alat kelamin, sedangkan dalam kasus di mana penyebab tersebut telah dikesampingkan, alat kelamin mungkin menjadi perhatian utama. Perawatan yang tersedia untuk alat kelamin ambigu termasuk hormon untuk mendorong alat kelamin berkembang ke satu arah atau yang lain, atau operasi untuk mengatasi variasi dalam pembentukan alat kelamin. Pembedahan juga terkadang diperlukan karena terkadang kelainan pada pembentukan alat kelamin menyebabkan masalah seperti uretra yang tertutup.
Ada beberapa perdebatan tentang pengobatan alat kelamin ambigu. Organisasi yang mengadvokasi orang yang dikenal sebagai “interseks” karena mereka tidak secara khusus laki-laki atau perempuan telah menyuarakan keprihatinan tentang situasi di mana orang tua mungkin terpaksa memilih jenis kelamin untuk anak-anak mereka. Dalam kasus di mana seorang anak memiliki jenis kelamin genetik yang jelas dan perawatan minimal diperlukan untuk mendorong alat kelamin agar selaras dengan jenis kelamin itu, perawatan tidak terlalu kontroversial. Tetapi ketika pembedahan ekstensif atau tindakan lain diperlukan, beberapa organisasi telah menyarankan bahwa anak-anak harus dibiarkan tumbuh dan membuat keputusan sendiri. Orang tua yang memilih pilihan ini relatif sedikit, sebagian karena kekhawatiran yang sangat serius tentang masalah sosial yang dapat dihadapi oleh seorang anak atau dewasa muda dengan alat kelamin yang tidak jelas. Dalam beberapa kasus, anak-anak interseks yang telah ditetapkan jenis kelaminnya saat lahir kemudian mengambil identitas gender yang berbeda.