Svininfluensan och säsongsinfluensan kan samexistera under en influensasäsong, men det finns ett antal skillnader mellan dem, från hur viruset sprider sig till hur länge det kommer att märkas hos dem som drabbas av det; det finns också skillnader i hur immunförsvaret reagerar på dem. Den kanske viktigaste skillnaden är att man kan räkna med att säsongsinfluensan smittar befolkningen vid en relativt regelbunden tidpunkt, men det finns inget sätt att veta när, var eller hur illa svininfluensan kommer att vara.
En sort av influensa kan räknas med att göra årliga rundor i hela befolkningen. Beroende på område inträffar utbrott av säsongsinfluensa med någon form av regelbundenhet; denna förutsägbarhet ger individer tid att immuniseras som en förebyggande åtgärd. När svininfluensan plötsligt muterade för att göra ett steg från grisar till människor var hälsoorganisationer i stort sett oförberedda på det, eftersom det inte fanns något sätt att förutsäga utbrottet.
Eftersom den säsongsbetonade typen av influensa är så utbredd har människokroppen kunnat utveckla vissa former av antikroppar för att bekämpa infektionen. Denna immunitet är inte fullständig, och individer utvecklar vanligtvis några dagars symtom; de som drabbas av svininfluensan utsätts dock för ett virus som aldrig tidigare har funnits i den mänskliga befolkningen. Eftersom det är en ny sjukdom finns det inget naturligt motstånd mot den, och människor är extremt sårbara för alla symtom.
Symtom på svininfluensa och säsongsinfluensa är likartade och består av samma värk i kroppen, feber, hosta och halsont. I svininfluensan är dessa symtom dock mer försvagande; varar längre; och kan vanligare innefatta gastrointestinala besvär, såsom illamående, diarré och kräkningar. Barn är mer benägna att drabbas av komplikationer av båda typerna av influensa, medan äldre faktiskt är mindre mottagliga för att drabbas av allvarliga fall av svininfluensa.
Det är också skillnad på var svininfluensan och säsongsinfluensan har sitt ursprung. Viruset som orsakar säsongsinfluensan är ett mänskligt virus, vilket innebär att det huvudsakligen cirkulerar genom den mänskliga befolkningen. Svininfluensa utvecklas hos grisar när ett enda djur får mer än en typ av influensa, till exempel en svininfluensa och ett mänskligt influensavirus. När dessa virus finns i samma djur samtidigt, kan de genomgå en mutation som gör att de kan spridas genom båda arterna. Eftersom svininfluensan och säsongsinfluensan har så olika ursprung, finns det olika vaccinationer som finns tillgängliga för att bekämpa varje typ av influensa.