Ett av de främsta tecknen på glutenintolerans hos barn är buksmärtor, som ofta resulterar i minskad aptit och kräkningar. Sådana symtom orsakar ofta att de inte växer i rätt takt. Dessutom kan det fysiska obehaget leda till vissa beteendeproblem, såsom irritabilitet, trötthet och depression. Symtom på glutenintolerans hos barn observeras vanligtvis inte förrän de är tillräckligt gamla för att börja äta mat med detta protein, såsom bröd, mjukost, flingor, kakor, bakverk, pasta och processat kött, för att nämna några produkter.
Känslighet för gluten, som är ett protein som finns i vete, korn, råg och havre, identifieras inte alltid barn eftersom föräldrar kan misslyckas med att märka symptomen. Bland de primära indikatorerna på glutenintolerans hos barn är obehag i tarmkanalen. En minskad aptit är ett annat tecken, troligen på grund av närvaron av magkramper och smärta, vilket gör det svårt att ens tänka på att äta. Kräkningar uppstår ofta även när barnet faktiskt äter. Diarré, gaser och förstoppning är andra magproblem som ofta uppstår hos barn med glutenintolerans. I själva verket kan halsbränna, colon irritabile, sura uppstötningar och rektal blödning alla förekomma med barn som har glutenintolerans, vilket gör det klokt för dem att undvika de livsmedel som orsakar problemen.
Detta bukbesvär leder ofta till viktminskning, eller åtminstone en oförmåga att gå upp i vikt ordentligt. En svullen mage tillsammans med onormalt tunna ben och armar kan ofta vara ett tecken på glutenintolerans hos barn. Detta beror på att de inte kan ta upp näringsämnen korrekt, och brukar känna sig så ofta sjuka att de inte äter så mycket eller så ofta som de borde. Puberteten är ofta också försenad i flera år hos barn med glutenintolerans, eftersom de inte kan äta mycket under de år de ska växa som mest.
Så mycket fysiskt obehag och oförmåga att växa kan ofta leda till beteendeförändringar hos drabbade barn. Irritabilitet, trötthet, humörsvängningar och depression förekommer alla ofta hos barn som inte kan absorbera näringsämnen ordentligt på grund av glutenintolerans. Huvudvärk, anemi och ledvärk gör vanligtvis inte humöret bättre. Dessutom lider barn med detta problem vanligtvis av andra mindre men smärtsamma medicinska problem, såsom munsår, eksem på huden och tandproblem. Sådana symtom är att förvänta, och bidrar vanligtvis till beteendeförändringar, tills barnet får diagnosen glutenintolerans, och slutligen skär ut maten som orsakar problemet.