Pada 1980-an dan 1990-an, genre baru musik rock muncul dan dengan cepat mendapatkan gelar rock kampus karena menonjol di radio kampus. Belakangan, nama genre tersebut menjadi musik alternatif karena suara barunya yang tidak mengacu pada genre heavy metal dan new wave yang lebih populer saat itu. Gaya tersebut malah membangun era post-punk yang ditentukan oleh suara indie dan akar rock. Musik alternatif sangat populer sepanjang tahun 1980-an dan hingga pertengahan 1990-an, ketika genre tersebut mengalami penurunan popularitas.
Istilah musik alternatif menjadi kata yang menentukan genre setelah DJ di stasiun radio di seluruh Amerika Serikat menggunakan istilah tersebut untuk menggambarkan lagu yang lebih panjang yang tidak termasuk dalam kategori Top 40. Lagu-lagu ini memberi DJ lebih banyak pilihan untuk daftar putar mereka, tetapi lagu-lagu itu belum tentu menjadi musik alternatif. Stasiun radio perguruan tinggi akhirnya menggunakan istilah untuk menggambarkan genre baru, yang menonjol di kalangan generasi muda di kampus, dan musik alternatif, sebagai genre, lahir.
Karakteristik musiknya sedikit lebih sulit untuk ditentukan. Awalnya, genre ini difokuskan pada band-band independen dan musik yang diambil dari era punk tetapi tidak masuk ke dalam kategori metal atau new wave. Band-band seperti REM menjadi terkenal di tahun delapan puluhan, tetapi umumnya, kancah musik alternatif belum tentu sukses secara komersial. Itu berubah di awal tahun sembilan puluhan, ketika band grunge yang berbasis di Seattle, Nirvana, memasuki dunia musik. Band-band seperti Pearl Jam dan Stone Temple Pilots segera muncul, lebih lanjut mendefinisikan suara alternatif.
Pada pertengahan hingga akhir tahun sembilan puluhan, genre mengalami penurunan tajam. Setelah kematian pentolan Nirvana Kurt Cobain dan gugatan atas nama band Pearl Jam terhadap Ticketmaster, band-band alternatif menjadi langka karena genre baru lainnya, seperti nu-metal, muncul dan mengambil alih gelombang udara. Selama dekade berikutnya, band-band alternatif berusaha untuk mendefinisikan kembali genre dan menyalakan kembali minat publik pada musik. Band-band seperti White Stripes dan Radiohead di awal 2000-an melakukan hal itu, membuka jalan bagi kebangkitan musik alternatif. Mereka membuka jalan bagi band-band inovatif seperti Modest Mouse, The Strokes, dan The Killers, dan genre tersebut tampaknya terlahir kembali.
Genre alternatif menjadi istilah umum yang mencakup indie rock, Brit-pop, grunge, dan sub-genre lainnya. Karena definisinya yang samar-samar, menjadi, dan tetap, sulit untuk membedakan band atau artis alternatif dari genre lain secara definitif.