Tujuan dari pengelolaan habitat adalah untuk mencapai kombinasi terbaik antara tempat tinggal manusia dan alam. Operasi konservasi satwa liar bertindak untuk menjaga keseimbangan dengan melindungi tumbuhan dan hewan yang terancam punah dari campur tangan manusia. Sebaliknya, banyak program pengelolaan hutan menggunakan intervensi manusia sebagai cara untuk mempercepat proses pertumbuhan yang akan memakan waktu puluhan tahun atau bahkan berabad-abad untuk terjadi secara alami. Kadang-kadang, manusialah yang terancam oleh aktivitas hewan atau tumbuhan, dan dalam hal itu, organisasi pengelolaan satwa liar yang memulihkan keseimbangan.
Seringkali, metode pengelolaan habitat digunakan untuk melindungi wilayah spesies yang terancam punah. Misalnya, karena kecenderungannya untuk kebakaran hutan, semak belukar Fynbos Afrika Selatan adalah rumah bagi berbagai spesies yang telah beradaptasi secara khusus dengan kondisi yang keras ini. Sejumlah spesies ini tidak ada di tempat lain di bumi. Untuk memastikan kelangsungan hidup tumbuhan dan hewan ini, perhatian besar dilakukan untuk menghindari interaksi manusia dengan daerah ini.
Dalam inisiatif pelestarian satwa liar yang lebih terarah, tindakan langsung manusia mungkin diperlukan untuk menyelamatkan hewan. Dalam kasus ini, anggota spesies yang terancam punah dapat ditangkap dan ditempatkan di lingkungan buatan untuk tujuan perlindungan dan reproduksi. Hasil yang diinginkan dari program jenis ini biasanya adalah pembentukan kembali kolam pembiakan yang layak. Dalam banyak kasus, tujuan akhir adalah pengenalan kembali suatu spesies ke habitat aslinya.
Pengelolaan habitat pada areal pertumbuhan pohon yang luas sering disebut pengelolaan hutan. Meskipun titik fokus dari jenis konservasi ini jelas adalah pepohonan, upaya secara teratur diperluas untuk mencakup habitat tumbuhan dan hewan yang disediakan oleh kawasan ini. Di Amerika Utara, pengelolaan hutan terutama mempelajari tegakan kayu keras, tetapi prinsipnya dapat diperluas untuk mencakup hutan hujan dan hutan rimba juga.
Tujuan ekologi standar untuk pengelolaan habitat hutan adalah pola pertumbuhan yang disebut hutan tinggi. Semua tahapan pertumbuhan pohon, dari pancang hingga mati terwakili dalam ekosistem ini. Selain itu, kehidupan hewan dan tumbuhan sangat melimpah dan beragam. Jika tidak terganggu, bioma hutan tinggi akan terjadi secara alami. Melalui praktik pengelolaan hutan yang cermat, seperti penebangan kayu selektif, jenis bioma ini dapat dilestarikan dan ditingkatkan.
Dalam kasus yang jarang terjadi, tujuan pengelolaan habitat adalah untuk menjaga agar hewan tidak membahayakan populasi dan harta benda manusia. Di beberapa daerah, misalnya, kombinasi perkembangbiakan yang tidak terkendali, perburuan yang terbatas, dan akses ke sumber makanan manusia telah menyebabkan populasi rusa whitetail yang berlebihan. Akibatnya, laporan kerusakan properti dan cedera akibat kecelakaan rusa versus kendaraan meningkat secara dramatis. Insiden kerusakan tanaman yang signifikan dari memberi makan rusa juga meningkat. Tanggapan dari kantor pengelolaan satwa liar setempat termasuk program relokasi hewan dan musim berburu yang lebih lama.