Akvatisk ekologi är en gren av vetenskapen om ekologi som sysslar med studiet av akvatiska ekosystem. Detta område kan delas in i två divisioner: sötvattensekologi och marin ekologi. Med tanke på att större delen av jorden är täckt av vatten är det mycket viktigt att förstå akvatiska ekosystem, särskilt eftersom vatten är avgörande för överlevnaden av allt liv på jorden. Utan vatten skulle jorden vara en helt annan plats, och det skulle förmodligen inte finnas några ekologer i närheten för att studera den.
Sötvattensekologi involverar floder, sjöar, bäckar, säsongsbetonade vattendrag, underjordiska vattenavlagringar och de omgivande områdena, medan marin ekologi handlar om havet. Flodmynningar, där sötvatten möter saltvatten, kan studeras av ekologer från båda områdena, och ibland båda, som samarbetar i projekt som kräver expertis från sötvatten- och marinakologer. Eftersom vattensystem är sammankopplade finns det ett stort samarbete mellan yrkesverksamma inom olika aspekter av akvatisk ekologi och mellan akvatiska ekologer och andra medlemmar av ekologiprofessionen.
Oavsett om en ekolog arbetar med saltvatten eller sötvatten, finns det ett antal ämnen av intresse inom akvatisk ekologi. Vattenekologer studerar naturliga populationer av organismer i vattnet, lär sig om naturliga variationer och effekterna av influenser som temperatur, salthalt, vattendjup, plats och årstid. Ekologer kan vara särskilt intresserade av organismer av ekonomisk betydelse, eller av biologin för ett ekosystem som helhet.
Vattenekologer är också intresserade av mänsklig interaktion med miljön och påverkan av mänsklig aktivitet på akvatiska ekosystem, allt från oljeutsläpp i havet till avrinning från jordbruket i sjöar och vattendrag. Vissa mänskliga aktiviteter har oavsiktliga konsekvenser, och dessa konsekvenser kan anta en episk skala i akvatisk ekologis värld, eftersom allt vatten så småningom rinner ut i havet, och världens hav är alla anslutna. En mikrob i Ganges kan hamna i en hamn i Storbritannien, och ekologer kan utforska den väg som mikroben tog för att komma dit, och om mänskliga aktiviteter spelade en roll eller inte.
Det finns ett stort antal studieområden tillgängliga för personer som arbetar inom akvatisk ekologi, inklusive vattenvård, miljövård, kommersiell användning av akvatiska resurser, föroreningar, historien om vattenanvändning, vattenanvändningspolicy och studiet av unika organismer i olika vattenmiljöer över hela världen. Människor går vanligtvis in på detta område genom att ta en examen i ekologi, med fokus på akvatiska frågor av intresse, med några som bedriver avancerad utbildning i forskarskolan för att få ytterligare kvalifikationer och erfarenhet.