Western blot-antikroppar är stora Y-formade proteiner, eller immunglobuliner, som produceras för att användas i Western blot-immunoanalysen, ett test för att detektera ett associerat protein i en vävnadskultur. Många företag är specialiserade på att producera och tillhandahålla antikroppar till labb som använder Western blot-metoden. Det finns två typer av Western blot-antikroppar som kan produceras i labbet: monoklonala och byklonala. Metoden och typen av antikropp som produceras beror på hur antikroppen reproducerar sig naturligt i värdkroppen. Under Western blot-testning används en process som kallas gelelektrofores för att separera proteiner som är inhemska i vävnadsprovet från riktade Western blot-antikroppar, vilket leder till positiv identifiering.
Nästan vilken substans som helst kan användas för att producera en monoklonal antikropp som kommer att binda till dess relaterade protein i en Western blot-kultur. Polyklonala antikroppar produceras på ungefär samma sätt, men processen är mer komplicerad genom att antikropparna måste skördas från immuna B-cellsresurser istället för att helt enkelt klonas från en modercell. Den växande tekniken för att producera immunglobulin från olika ämnen anses vara ett ovärderligt verktyg inom biokemi, molekylärbiologi och medicin. Western blot-analys kan upptäcka proteiner som är förknippade med HIV, borrelia och Creutzfeldt-Jakobs sjukdom—galna ko-sjukdom— vilket leder till att läkare kan ställa en definitiv diagnos tidigare under sjukdomsförloppet. Utöver dessa applikationer kan rättsmedicin också använda Western blot-antikroppsteknologi för att identifiera blod- eller andra substansprover på en brottsplats.
Oavsett dess tillämpning börjar processen för att identifiera ett målprotein i ett vävnadsprov med att reproducera en mängd av antikroppen från en känd källa. Monoklonala antikroppar kan produceras från befintlig kultur, men processen för att producera polyklonala antikroppar är betydligt mer tidskrävande. Processen involverar vanligtvis att injicera ett värddjur, som en mus eller get, med antingen inaktiva eller levande partiklar, vid vilken tidpunkt djurets B-lymfocyter producerar immunglobuliner som är specifika för antigenet. Därefter tillsätts detergenter och buffertar till provet som kommer att förhindra nedbrytning av immunoglobulinerna av alla infödda enzymer, och gelelektrofores används för att separera proteinerna efter molekylvikt eller isoelektrisk laddning. Western blot-antikropparna är nu redo att genomgå ”blotting”-processen, som är överföringen av antikropparna till ett membran samtidigt som man noterar de specifika blötmönster som produceras under överföringen och som är unika för det protein som identifieras.