Kaspaser är en familj av inaktiva proenzymer som spelar en avgörande roll i cellapoptos, vilket är den planerade döden av celler. Rollen för kaspas 3 i apoptos är att klyva och aktivera kaspas 6, 7 och 9 för att bryta ner de apoptotiska cellerna innan de tas bort. Efter denna process klyvs kaspas 3-proteinet och bryts ner självt av kaspas 8 och 10, såväl som eventuella inaktiva kaspas 9-proteiner som ännu inte har klyvts själva. Den sekventiella klyvningen och aktiveringen av dessa proteiner är avgörande för exekveringsstadiet av förprogrammerad celldöd.
Rollen av kaspas 3 i apoptos är att aktivera stadierna av celldöd på ett icke-traumatiskt sätt. I motsats till nekros, som är den traumatiska förstörelsen av celler, är apoptos den process genom vilken celler bryts ner och förstörs på ett schemalagt och kontrollerat sätt för att möjliggöra olika tillväxter och utvecklingar i en organism. Processen med apoptos är anledningen till att fingrar och tår splittras i det embryonala skedet av organismens utveckling. Den kontrollerade celldöden gör att siffrorna kan separeras utan trauma. Caspase 3 är avgörande för denna process eftersom det tillåter processen att fortskrida i sekvens, utan överraskande händelser som annars skulle orsaka onödig skada på de återstående cellerna.
När processen pågår är syftet med kaspas 3 i apoptos att faktiskt klyva de centrala cellulära proteinerna. Detta uppnås genom en kaskadeffekt, som börjar när en dödsreceptor baserad på cellytan överför de apoptotiska signalerna till de föregående kaspasproteinerna och aktiverar dem. Dessa kaspasproteiner aktiverar nästa proteiner i sekvensen, vilket så småningom leder till effektorkaspas, såsom kaspas 3. Dessa kaspaser är direkt ansvariga för klyvningen av cellulära proteiner, såsom cytoskelettproteiner, som leder till de morfologiska förändringarna, inklusive splittringen av siffror, som observeras i celler som genomgår apoptos.
Man tror att kaspas 3:s roll i apoptos kan, när den förstås bättre, leda till en bättre förståelse av sjukdomar som Alzheimers sjukdom. Eftersom kaspas 3-proteinet klyver cellerna kan det ibland orsaka skador på delar av kroppen. Forskning tyder på att detta kan vara en orsak till psykiska störningar. Man tror att en större förståelse för mekanismerna för kaspas 3 vid apoptos kommer att avslöja hur denna process sker och kan leda till behandling.