Nästan all vetenskaplig forskning är förenad med risker, och nanovetenskap är verkligen inte annorlunda i det avseendet. Riskerna med detta område kan dock låta mer skrämmande än annan vetenskaplig forskning, eftersom de ofta låter mer som science fiction än fakta. De risker som oftast är förknippade med detta område inkluderar okontrollerade nanomaskiner, nanovapen och värsta, oförutsedda risker. Om någon av dessa risker är mycket allvarliga återstår att se.
Nanovetenskap är studiet av mikroskopiska maskiner, var och en med förmågan att utföra funktioner på cellnivå, molekylnivå eller till och med atomnivå. Nanovetenskap skapar dessa små maskiner med målet att utföra funktioner som skulle verka nästan mirakulösa med standardprocedurer. Nanomaskiner har potential att utföra känsliga operationer, bota tidigare ostoppbara sjukdomar, omvandla giftigt avfall till ofarliga och användbara material och bygga nästan allt man kan tänka sig av basmaterial. Om den når sin fulla potential kan nanovetenskap förändra världen på fantastiska och underbara sätt.
Naturligtvis, med så mycket potential att göra stor nytta, har nanovetenskap lika stor potential att göra stor skada. Den mest diskuterade potentiella risken kallas ofta helt enkelt Grey Goo. Ett primärt mål för detta område är skapandet av mikroskopiska nanomaskiner, som kan förändra saker på molekylär eller atomär nivå. Kräftvävnad i en persons kropp kan förvandlas till frisk vävnad, eller ett rostigt verktyg kan göras till sundt stål igen.
Rädslan är att okontrollerade nanomaskiner kan springa ut och göra oönskade förändringar. Istället för att bota cancer kan de förvandla friska celler till cancer. Istället för att reparera trasiga maskiner, kan de förändra allt till ett särdeles grått skit.
En annan risk med nanovetenskap är att människor kan försöka förvandla nanomaskiner till vapen. Dessa små maskiner kan göras för att förstöra byggnader och maskiner, förvandla mat till gift, bestråla vattenförsörjning, kapa kraftledningar eller helt enkelt döda människor. Inget standardförsvar mot dessa nanovapen skulle vara effektivt, så nanomotåtgärder skulle behöva utvecklas. Nanovetenskap är för farligt för att vändas till destruktiva syften.
Den kanske farligaste risken med nanovetenskap är en som ännu inte är helt klarlagd. Eftersom det är ett så nytt område kan det finnas oförutsedda risker som ännu inte har utforskats fullt ut. Det är viktigt att världen behandlar detta område med största respekt och omsorg.